伯豪生物目前已經(jīng)先后建成 DNA 甲基化檢測芯片 / 二代測序平臺、RNA 甲基化分析平臺，組蛋白修飾分析平臺、轉(zhuǎn)錄因子分析平臺和開放染色質(zhì)分析服務(wù)平臺。2012 年至今，伯豪生物表觀產(chǎn)品線已經(jīng)累計為客戶完成約 1000 例以上科研服務(wù)項目，涉及組織、細胞、全血、FFPE 等各類實驗樣本約 2 萬例以上，涵蓋腫瘤、胚胎發(fā)育、復(fù)雜疾病等各個領(lǐng)域，協(xié)助客戶在 J  Clin Oncol、Nat Commun、PNAS、Ann Rheum Dis 等高水平期刊發(fā)表論文 30 余篇，累計影響因子 150 以上（累計到 2020 年 3 月）。下面讓我們一起來欣賞下部分高分文章吧。

高分文章賞析

一、伯豪客戶發(fā)現(xiàn)預(yù)測早期肝癌后可復(fù)發(fā)的甲基化標志物

CpG Methylation Signature Predicts Recurrence in Early-Stage Hepatocellular Carcinoma: Results from a Multicenter Study

發(fā)表期刊   

Journal of Clinical Oncology

影響因子

IF=26.303  

中科院雜志分區(qū)

1 區(qū)

通訊作者所在單位

中山大學(xué)腫瘤防治中心

伯豪公司提供的產(chǎn)品或服務(wù)

Illumina Infinium Human

Methylation 450 Beadchip

摘要：

在全世界范圍內(nèi)，每年因肝癌死亡的病例超過 50 萬，是主要的致死惡性腫瘤之一。目前對于術(shù)后患者缺乏準確預(yù)測體系或標志物。本研究建立了一種預(yù)測早期肝癌病人術(shù)后復(fù)發(fā)的模型。研究這采用 450K 芯片檢測了 66 例病人樣本，過濾得到 2550 個差異位點。通過比較兩種算法得到的差異 CpG 位點，共篩選出 46 個 CpG 位點。研究者隨后在一組內(nèi)部樣本和兩組外部樣本進行了檢測。為了建立臨床上可用于預(yù)測個體復(fù)發(fā)的模型，綜合考慮了協(xié)變量后，研究者用諾模圖建立了可以用來預(yù)測的模型，三個矯正點的檢測均得到理想結(jié)果。研究者建立了一種諾模圖，用來預(yù)測早期肝癌患者的術(shù)后復(fù)發(fā)風(fēng)險。

二、伯豪客戶發(fā)現(xiàn)在肝癌復(fù)發(fā)中起重要作用的 lncRNA

Recurrently deregulatedlncRNAs in hepatocellular carcinoma

發(fā)表期刊   

Nature Communications

影響因子

IF=11.880

中科院雜志分區(qū)

1 區(qū)

通訊作者所在單位

清華大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院

伯豪生物提供的產(chǎn)品或服務(wù)

Illumina InfiniumHuman

Methylation 

450K BeadChip RNA-seq

Affymetrix CytoscanHD 

arrays

摘要：

肝癌細胞（HCC）經(jīng)常侵入門靜脈系統(tǒng)并且發(fā)展成為門靜脈腫瘤血栓（PVTT）。在此，清華大學(xué)聯(lián)合上海東方肝膽醫(yī)院研究人員通過對 20 個病人的 60 個臨床樣本進行 RNA-Seq 鑒定到了 8603 個可能的 lncRNA。其中 917 個 lncRNA 在 TCGA 數(shù)據(jù)庫以及發(fā)表的肝癌數(shù)據(jù)庫中有關(guān)聯(lián)，235 個 lncRNA 存在 CNVs 和 DNA 甲基化變化。很多與 lncRNA 共表達的基因富集在細胞粘著、免疫反應(yīng)以及代謝過程等通路上。HAND2-AS1 還通過 RNAi 的敲降進行了部分功能研究。研究結(jié)論對 lncRNA 在肝癌的發(fā)生與轉(zhuǎn)移過程中研究具有重要意義。

三、預(yù)測成人 T 淋巴細胞淋巴瘤復(fù)發(fā)的甲基化標志物

A CpG Methylation Classifier to Predict Relapse in Adults with T-cell Lymphoblastic Lymphoma

發(fā)表期刊   

Clin Cancer Res

影響因子

IF=8.911    

中科院雜志分區(qū)  

1 區(qū)

通訊作者所在單位

中山大學(xué)腫瘤防治中心

伯豪生物提供的產(chǎn)品或服務(wù)

Illumina Infinium 

MethylationEPIC 850K 

BeadChip

摘要：

成人 T 細胞淋巴母細胞淋巴瘤（T-LBL) 通常受益于急性淋巴細胞白血?。ˋLL) 樣方案的治療，但大約 40% 的患者在接受這種治療后會復(fù)發(fā)。作者評估了 CpG 甲基化在預(yù)測成人 T -LBL 治療復(fù)發(fā)中的價值。分析來自 27 個醫(yī)療中心的 549 名成人 T -LBL，使 850K 芯片，通過兩種算法從 49 個 T -LBL 樣品中鑒定出 44 個與復(fù)發(fā)相關(guān)的 CpG 位點。使用 LASSO Cox 回歸基于訓(xùn)練隊列（n = 160）中 CpG 位點甲基化水平與無復(fù)發(fā)生存期（RFS）之間的關(guān)聯(lián)關(guān)系構(gòu)建了一個四 CpG 分類器。在內(nèi)部測試隊列中對該四 CpG 分類器進行了驗證（n = 68）和獨立驗證（n = 321），結(jié)果顯示基于四個 CpG 位點的分類器將訓(xùn)練隊列中復(fù)發(fā)高風(fēng)險的 T -LBL 患者與低風(fēng)險的 T -LBL 患者區(qū)分開（p <0.001），并可用于指導(dǎo)治療決策。

四、DNA 甲基化和 mRNA 表達譜的聯(lián)合分析發(fā)現(xiàn)參與臨床無功能垂體腺瘤再生的關(guān)鍵基因

Integrated analysis of DNA methylation and mRNA expression profiles to identify key genes involved in the regrowth of clinically non-functioning pituitary adenoma

發(fā)表期刊   

Aging (Albany NY)

影響因子

IF=5.515

中科院雜志分區(qū)  

2 區(qū)

通訊作者所在單位

北京天壇醫(yī)院神經(jīng)外科  

伯豪生物提供的產(chǎn)品或服務(wù)

Illumina Infinium 

MethylationEPIC 850K

BeadChip

摘要：

腫瘤再生是臨床無功能垂體腺瘤（NFPA) 的一個重要特征。目前尚無適用于術(shù)后患者的預(yù)后評估方法。作者旨在發(fā)現(xiàn) DNA 甲基化生物標志物用于預(yù)后評估。對 71 例 NFPA 患者的腫瘤樣本進行了 DNA 甲基化芯片和基因表達譜分析。對比再生組和非再生組確定差異表達基因和差異甲基化基因。發(fā)現(xiàn) 13 個基因的 DNA 甲基化與基因表達負相關(guān)。通過無進展生存分析發(fā)現(xiàn)，F(xiàn)AM90A1、ETS2、STAT6、MYT1L、ING2 和 KCNK1 與腫瘤再生有關(guān)。基于 13 個基因建立預(yù)后預(yù)測模型，6 個基因模型的 AUC 值高 0.820。通過焦磷酸測序和 RT-PCR 對預(yù)后生物標志物進行驗證。單變量 Cox 回歸發(fā)現(xiàn) FAM90A1 和 ING2 是腫瘤再生長的獨立預(yù)后因素。FAM90A1 和 ING2 的 DNA 甲基化和表達水平與腫瘤的再生有關(guān)，可以作為預(yù)測 NFPA 患者預(yù)后的生物標志物。

五、在鼻咽癌中，HOPX 高甲基化通過激活 SNAIL 轉(zhuǎn)錄來促進轉(zhuǎn)移

HOPX hypermethylation promotes metastasis via activating SNAIL transcription in nasopharyngeal carcinoma

發(fā)表期刊   

Nature Communications

影響因子

IF=11.880 

中科院雜志分區(qū)

1 區(qū)

通訊作者所在單位

中山大學(xué)腫瘤防治中心

伯豪生物提供的產(chǎn)品或服務(wù)

Illumina Infinium Human

Methylation 450 Beadchip

摘要：

中國華南地區(qū)，鼻咽癌有較高的發(fā)病率。目前，鼻咽癌病人的治療方案主要取決于病人的 TNM 分期。但是，約 30% 的鼻咽癌病人雖然處于相同的 TNM 分期，采用相同的治療方案，其結(jié)果也不盡相同。表觀層面的改變對于腫瘤起始和發(fā)展，發(fā)揮著重要的作用。目前，在鼻咽癌轉(zhuǎn)移發(fā)生過程中表觀的改變并不清楚，也沒有預(yù)測模型高精度的篩選出高轉(zhuǎn)移風(fēng)險的鼻咽癌病人。中山大學(xué)附屬腫瘤醫(yī)院的科學(xué)工作者，采用甲基化 450K 芯片在全基因組范圍內(nèi)鑒定了鼻咽癌病人特異的轉(zhuǎn)錄因子 HOPX。該研究為鼻咽癌診斷提供了新的生物標記，為鼻咽癌的治療提供了新的靶點。鼻咽癌病人中 HOPX 啟動子區(qū)高甲基化導(dǎo)致的其表達量降低，促進了鼻咽癌細胞的遷移和侵襲。這一生物學(xué)進程是由于 HOPX 在生物體內(nèi)與 HDAC2 結(jié)合，能夠抑制 SRF 依賴的 SNAIL 的轉(zhuǎn)錄。HOPX 的甲基化程度與臨床鼻咽癌病人的生存率高度相關(guān)。這一研究結(jié)果為鼻咽癌病人的惡性診斷提供了重要依據(jù)，豐富了鼻咽癌的治療靶點。

六、IFI44L 基因甲基化水平可以作為紅斑狼瘡診斷標志物

IFI44L promoter methylation as a blood biomarker for systemic lupus erythematosus

發(fā)表期刊

Annals of the Rheumatic Diseases

影響因子

IF=12.350  

中科院雜志分區(qū)  

1 區(qū)

通訊作者所在單位

中南大學(xué)湘雅二院

伯豪公司提供的產(chǎn)品或服務(wù)

Illumina Infinium Human

Methylation 450 Beadchip

摘要：

系統(tǒng)性紅斑狼瘡，俗稱“蝴蝶病”，是一種以過量產(chǎn)生多種自身抗體和多器官受累為特征的慢性炎癥性自身免疫性疾病?；颊邇?nèi)體存在多種自身抗體，抗體與抗原結(jié)合形成免疫復(fù)合物沉淀在靶組織中，引起一系列炎性介質(zhì)釋放，從而造成器官組織的損傷。SLE 的一個重要特征是自身抗體的存在，如 anti- 核抗體（ANAs)、anti- 雙鏈 DNA (dsDNA) 抗體、anti-smith (Anti-Sm) 抗體等，這些抗體已被作為 SLE 患者的常規(guī)血清學(xué)標志物。然而，目前可用的 SLE 實驗室標記有明顯的局限性。由于該疾病的顯著異質(zhì)性，以及驗證單個生物標志物所需要的復(fù)雜而嚴格的過程，目前能夠幫助診斷 SLE 的共識生物標志物數(shù)量非常有限。研究人員利用 DNA 甲基化芯片篩選出在系統(tǒng)性紅斑狼瘡患者外周血 DNA 中的差異甲基化位點，在中南大學(xué)湘雅二醫(yī)院完成了 337 名系統(tǒng)性紅斑狼瘡患者、353 名類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎患者以及 358 名正常人外周血 DNA 樣本檢測，篩選鑒定出 IF144L 基因甲基化水平可作為系統(tǒng)性紅斑狼瘡診斷的標志物，并進一步在 529 名系統(tǒng)性紅斑狼瘡患者、426 名類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎患者、199 名干燥綜合征患者以及 569 名正常人中炎癥了該標志物的特異性和敏感性。隨后，Amr H. Sawalha 教授又在歐洲系統(tǒng)性紅斑狼瘡人群中進行了相關(guān)驗證。