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伯豪生物
small RNA 測序
 電子資料  調研問卷

技術簡介

small RNA 是指長度在 18~30nt 的內源性 RNA,包括 miRNA,siRNA 和 piRNA 等。它們在 mRNA 的轉錄及轉錄后水平的調控中發(fā)揮重要作用,參與細胞生長、分化、代謝等各個生物學過程,對生物體的正常發(fā)育和疾病過程起著關鍵作用。Small RNA 測序是指基于高通量測序平臺對目標樣本的 small RNA 進行大規(guī)模檢測,同時發(fā)現(xiàn)新的小 RNA,結合生物信息學挖掘手段,研究 small RNA 的功能、結構和調控機制。

伯豪優(yōu)勢

樣本處理:超過 200 種樣本的 RNA 抽提經驗;易降解樣本、微量樣本的抽提解決方案;

文庫構建:兼容組織、細胞、FFPE、血漿、外泌體等特殊樣本的建庫能力;

質控管理:ISO9001 認證,Illumina CSPro 認證;

數(shù)據(jù)分析:學術界權威的算法;針對 miRNA、siRNA、piRNA 和 tRFs 的特定分析流程;全面的分析內容;靈活的定制分析;

項目成果:協(xié)助客戶在 miRNA、piRNA、tRFs 領域發(fā)表多篇論文。

實驗流程

實驗設計——樣本取材——RNA 抽提——文庫構建——測序——數(shù)據(jù)分析

樣本要求

樣本類型:含有 samll RNA 的 total RNA

樣本總量:≥2μg

樣本濃度:50ng/ul

推薦數(shù)據(jù)量:20M reads/ 樣本

分析流程

smallRNA 測序數(shù)據(jù)分析

smallRNA 測序數(shù)據(jù)分析分類

案例展示

案例一

外泌體攜帶蛋白質、mRNA 和 miRNA,參與細胞廢物管理和細胞間通訊。在細胞和動物模型中,mTORC1 的持續(xù)激活會抑制外泌體的釋放,導致細胞內 CD63 陽性外泌體前體的積累。雷帕霉素或營養(yǎng)和生長因子的缺乏會抑制 mTORC1 并促進外泌體釋放,同時引起細胞自噬。對雷帕霉素處理的細胞所釋放外泌體中成分含量的分析發(fā)現(xiàn),抑制 mTORC1 并不會顯著改變其大多數(shù)蛋白和 miRNA 的組成。這一研究揭示了外泌體分泌受營養(yǎng)調節(jié)的機制,提示 mTORC1 可能通過同時抑制自噬與外泌體釋放,導致細胞內廢物累積,從而促進衰老。

參考文獻

Zou W, Lai M, Zhang Y. et al. Exosome Release Is Regulated by mTORC1. Adv Sci. 2018 Dec 11;6(3):1801313.

smallRNA 測序案例一配圖

圖:mTORC1 處理后外泌體 miRNA 及蛋白質組成



案例二

研究背景

生殖系細胞中存在一類特異地與 PIWI 家族蛋白質相互作用的小分子 RNA,即 PIWI-interacting RNA,簡稱 piRNA,能夠引導蛋白質沉默散落于基因組中的轉座子,從而束縛轉座子,維持基因組的穩(wěn)定性和完整性。piRNA 的 5′末端具有很強的 U 堿基偏好性,其 3' 末端被 2′-O-Me 修飾,以保護其免受核酸外切酶降解。Pnldc1 突變小鼠表現(xiàn)出了減數(shù)分裂和精子發(fā)生時期障礙,這種功能缺陷與 LINE1 活性相關。文章證實了 PNLDC1 對于 piRNA 前體 3‘修剪具有必要的作用,使得 30-40 nt piRNAs 前體能夠轉化為成熟的 piRNA,而 Pnldc1 突變小鼠仍然能夠正常進行 5‘piRNA 修剪。Pnldc1 突變小鼠中由于 3’不能正常發(fā)生修剪而形成的變長的 piRNA,雖然能夠與 MILI 蛋白結合,卻不能發(fā)揮正常的生理功能,致使 L1 轉座子不能正常沉默而導致雄性不育。

參考文獻

Cui Yq, G Xj, Shen B. An essential role for PNLDC1 in piRNA 3′ end trimming and male fertility in mice. Cell Res.10.1038/cr.2017.125.

smallRNA 測序案例二配圖

圖 piRNA 在 Pnldc1 突變小鼠中 24-30nt 的前粗線期 piRNA 總量減少了 72.51%

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