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Illumina DNA 甲基化在調(diào)節(jié)基因表達(dá)中起著重要作用，細(xì)胞 DNA 甲基化狀態(tài)的變化與衰老，發(fā)育和疾病病理有關(guān)。這十多年來，Illumina 為研究人員提供了由 BeadArray TM 技術(shù)驅(qū)動(dòng)的基于微陣列的強(qiáng)大工具，以定量分析整個(gè)基因組的 DNA 甲基化。迄今為止，Infinium Human Methylation 450(450K) 和 Methylation EPIC v1.0 BeadChips (850k) 已被研究界用于推動(dòng)表觀基因組范圍關(guān)聯(lián)研究 (EWAS) 的數(shù)據(jù)收集。這些甲基化芯片在癌癥研究、遺傳疾病、衰老和分子流行病學(xué)領(lǐng)域中實(shí)現(xiàn)了基于甲基化的生物標(biāo)志物的發(fā)現(xiàn)和應(yīng)用。在此基礎(chǔ)上，Illumina 推出了新一代的升級(jí)版甲基化芯片 Infinium MethylationEPIC v2.0 BeadChip(935k)，建立在相同可靠的 Infinium 化學(xué)基礎(chǔ)之上，更新優(yōu)化了許多甲基化位點(diǎn)，以期在表觀遺傳學(xué) 研究的新時(shí)代有更多的生物學(xué)發(fā)現(xiàn)。Infinium MethylationEPIC v2.0 BeadChip Kit（935K）是一種全基因組甲基化篩選工具，靶向人類甲基化組最具生物學(xué)意義的區(qū)域中超過 935,000 個(gè) CpG 位點(diǎn)，同時(shí)在其前代產(chǎn)品 MethylationEPIC v1.0（850k）的基礎(chǔ)上極大的提高了向后兼容性。該芯片保留了以單核苷 酸分辨率定量分析全基因組 CpG 的能力，同時(shí)提供高度準(zhǔn)確和精確的甲基化測(cè)量，不受測(cè) 序深度的影響。可使用精簡、用戶友好的 Infinium 甲基化檢測(cè)分析多種 DNA 樣本類型，包 括從 FFPE 分離的 DNA 樣本。與其他方法相比，MethylationEPIC v2.0 具有可擴(kuò)展性和更低 的單個(gè)樣本總成本，因此可用于探究疾病機(jī)制和生物標(biāo)志物的篩選。
Illumina 甲基化（450K、850K、935K）芯片， 三種芯片位點(diǎn)比較如上圖
上表：是 935k 芯片探針的基因組區(qū)域覆蓋情況
1、全基因組覆蓋，CpG 位點(diǎn)升級(jí)
Illumina EPICv2.0-935K 芯片可檢測(cè)人全基因組約 935,000 個(gè) CpG 位點(diǎn)的甲基化狀態(tài)， 在 850K 的基礎(chǔ)上去除了性能不佳的探針：
（1）新增 186,000 個(gè) CpG 靶向增強(qiáng)子和超級(jí)增強(qiáng)子；
（2）更多 CTCF 結(jié)合位點(diǎn)、CNV 檢測(cè)區(qū)域、EPIC v1.0 覆蓋不足的 CpG 島以及常見癌癥驅(qū)動(dòng)突 變 ；
（3）還 增加了經(jīng) ATAC-Seq 和 ChIP-Seq 實(shí)驗(yàn)鑒定的與腫瘤有關(guān)的染色質(zhì)開放區(qū)域 ；
（4）此外， 基因組版本更新到 hg38 以及 GenCode 數(shù)據(jù)庫 v41 版本 ，是更適合用于表觀基因組全關(guān)聯(lián) 分析研究（EWAS）的一款芯片。
2、兼容多種樣本類型，包括 FFPE
FFPE 組織樣本可獲得高質(zhì)量數(shù)據(jù)，F(xiàn)FPE 兼容性對(duì)于癌癥研究極為重要，能夠支持以大型腫瘤生物樣本庫為基礎(chǔ)的研究。
935K 芯片檢測(cè)兼容樣本：
（1）FFPE
（2）新鮮 / 冷凍組織；
（3）全血；
（4）口腔細(xì)胞；
（5）cfDNA；
（6）唾液；
（7）其他樣本類型。
3、高度準(zhǔn)確和精確的檢測(cè)數(shù)據(jù)
935K 甲基化芯片檢測(cè)能夠檢測(cè)到 0.2 的 beta 值差異，假陽性率低于 1%，從而實(shí)現(xiàn)了較 高的分析靈敏度，同時(shí)也具有極好的數(shù)據(jù)可重現(xiàn)性。如下圖（A）935K 芯片技術(shù)重復(fù)相關(guān) 性 R2>0.99（B）935K 芯片和 850K 的交集探針間的相關(guān)性 R2>0.99。（C）935K 芯片數(shù)據(jù) 與甲基化測(cè)序（100×測(cè)序深度）的相關(guān)性 R 2>96%。
1、成熟的服務(wù)平臺(tái)：穩(wěn)定而系統(tǒng)的芯片實(shí)驗(yàn)全面解決方案，可為客戶提供總 DNA 抽提、樣品質(zhì)檢、RNA 標(biāo)記、雜交、洗脫、圖像掃描、數(shù)據(jù)分析。
2、多樣化的服務(wù)內(nèi)容：提供芯片和測(cè)序兩種高通量檢測(cè)技術(shù)以及低通量檢測(cè)技術(shù) RT-PCR。
3、專業(yè)的實(shí)驗(yàn)人員：從 DNA 抽提到芯片雜交均配有專業(yè)的實(shí)驗(yàn)人員，豐富的芯片操作經(jīng)驗(yàn)，確保芯片實(shí)驗(yàn)順利完成。
4、專業(yè)的分析團(tuán)隊(duì)：實(shí)戰(zhàn)經(jīng)驗(yàn)豐富的分析團(tuán)隊(duì)，除能快速完成基礎(chǔ)分析外，還能根據(jù)客戶需求完成個(gè)性化分析，提供各類高大上的圖表。
伯豪生物在甲基化芯片檢測(cè)方面積攢了大量的項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)，處理過各種類型的人類樣本，包括血液，組織和 FFPE 樣本等超過 1000 例。大項(xiàng)目經(jīng)驗(yàn)豐富，服務(wù)過幾十個(gè)單個(gè)項(xiàng)目在 50 萬以上的客戶，無論從項(xiàng)目的方案設(shè)計(jì)，數(shù)據(jù)分析等方面都給客戶提供了強(qiáng)有力的支持。目前服務(wù)的表觀研究方向的客戶，發(fā)表文章最高的 JCO（IF>20）上，累計(jì)影響因子超過 150。
935K 芯片是 850K 芯片的升級(jí)版，具有以下優(yōu)勢(shì)：
（1）全面的基因組覆蓋范圍：檢測(cè) > 935,000 個(gè) CpG 位點(diǎn)，全面覆蓋 CpG 島、啟動(dòng)子、編碼區(qū)及增強(qiáng)子。
（2）探針位點(diǎn)的全面優(yōu)化：在 EPICv1.0-850K 的基礎(chǔ)上去除了性能不佳的探針，新增 186,000 個(gè) CpG 靶向增強(qiáng)子和超級(jí)增強(qiáng)子、更多 CTCF 結(jié)合位點(diǎn)、CNV 檢測(cè)區(qū)域、EPIC v1.0 覆蓋不足的 CpG 島以及常見癌癥驅(qū)動(dòng)突變。
（3）兼容多種樣本類型，包括 FFPE。
（4）高質(zhì)量的數(shù)據(jù)：沿用了 450k 芯片的 Infinium 技術(shù)，同時(shí)采用 Infinium I 及 II 探針設(shè)計(jì)，使檢測(cè)范圍最大化。
（5）分辨率高：單堿基分辨率，可以直接檢測(cè)到發(fā)生甲基化的準(zhǔn)確位點(diǎn)。
（6）可重復(fù)性高：自身技術(shù)重復(fù)間的相關(guān)性以及與 850K 相同探針間的相關(guān)性 R2 > 0.99。
935K 芯片是 850K 芯片的升級(jí)版，應(yīng)用領(lǐng)域（醫(yī)口方向）：
（1）腫瘤；肺癌，食管癌，膠質(zhì)瘤，白血病等；
（2）復(fù)雜疾病：糖尿病，高血壓，免疫性疾病，抑郁癥等；
（3）發(fā)育：胚胎發(fā)育，神經(jīng)分化，器官分化等；
（4）環(huán)境互作：同性戀，PM2.5，鉛污染，吸煙，孕期暴露等；
（5）早篩：腫瘤早篩標(biāo)志物，復(fù)發(fā)標(biāo)志物，預(yù)后標(biāo)志物；
（6）衰老。
樣品類型：組織、細(xì)胞、基因組 DNA
樣品純度：OD 260/280 值應(yīng)在 1.7～2.0 之間；RNA 應(yīng)該去除干凈；不得有其它個(gè)體或其它物種的 DNA 污染。
樣品濃度：濃度不低于 50ng/μl；
樣品總量：每個(gè)樣品總量不少于 500ng。
樣品溶劑：溶解在 TE 中。
樣品運(yùn)輸：DNA 低溫運(yùn)輸（-20℃）；在運(yùn)輸過程中請(qǐng)用 parafilm 將管口密封好，以防出現(xiàn)污染。
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