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Illumina DNA 甲基化在調(diào)節(jié)基因表達中起著重要作用，細胞 DNA 甲基化狀態(tài)的變化與衰老，發(fā)育和疾病病理有關。這十多年來，Illumina 為研究人員提供了由 BeadArray TM 技術驅(qū)動的基于微陣列的強大工具，以定量分析整個基因組的 DNA 甲基化。迄今為止，Infinium Human Methylation 450(450K) 和 Methylation EPIC v1.0 BeadChips (850k) 已被研究界用于推動表觀基因組范圍關聯(lián)研究 (EWAS) 的數(shù)據(jù)收集。這些甲基化芯片在癌癥研究、遺傳疾病、衰老和分子流行病學領域中實現(xiàn)了基于甲基化的生物標志物的發(fā)現(xiàn)和應用。在此基礎上，Illumina 推出了新一代的升級版甲基化芯片 Infinium MethylationEPIC v2.0 BeadChip(935k)，建立在相同可靠的 Infinium 化學基礎之上，更新優(yōu)化了許多甲基化位點，以期在表觀遺傳學 研究的新時代有更多的生物學發(fā)現(xiàn)。Infinium MethylationEPIC v2.0 BeadChip Kit（935K）是一種全基因組甲基化篩選工具，靶向人類甲基化組最具生物學意義的區(qū)域中超過 935,000 個 CpG 位點，同時在其前代產(chǎn)品 MethylationEPIC v1.0（850k）的基礎上極大的提高了向后兼容性。該芯片保留了以單核苷 酸分辨率定量分析全基因組 CpG 的能力，同時提供高度準確和精確的甲基化測量，不受測 序深度的影響?？墒褂镁?、用戶友好的 Infinium 甲基化檢測分析多種 DNA 樣本類型，包 括從 FFPE 分離的 DNA 樣本。與其他方法相比，MethylationEPIC v2.0 具有可擴展性和更低 的單個樣本總成本，因此可用于探究疾病機制和生物標志物的篩選。
Illumina 甲基化（450K、850K、935K）芯片， 三種芯片位點比較如上圖
上表：是 935k 芯片探針的基因組區(qū)域覆蓋情況
1、全基因組覆蓋，CpG 位點升級
Illumina EPICv2.0-935K 芯片可檢測人全基因組約 935,000 個 CpG 位點的甲基化狀態(tài)， 在 850K 的基礎上去除了性能不佳的探針：
（1）新增 186,000 個 CpG 靶向增強子和超級增強子；
（2）更多 CTCF 結合位點、CNV 檢測區(qū)域、EPIC v1.0 覆蓋不足的 CpG 島以及常見癌癥驅(qū)動突 變 ；
（3）還 增加了經(jīng) ATAC-Seq 和 ChIP-Seq 實驗鑒定的與腫瘤有關的染色質(zhì)開放區(qū)域 ；
（4）此外， 基因組版本更新到 hg38 以及 GenCode 數(shù)據(jù)庫 v41 版本 ，是更適合用于表觀基因組全關聯(lián) 分析研究（EWAS）的一款芯片。
2、兼容多種樣本類型，包括 FFPE
FFPE 組織樣本可獲得高質(zhì)量數(shù)據(jù)，F(xiàn)FPE 兼容性對于癌癥研究極為重要，能夠支持以大型腫瘤生物樣本庫為基礎的研究。
935K 芯片檢測兼容樣本：
（1）FFPE
（2）新鮮 / 冷凍組織；
（3）全血；
（4）口腔細胞；
（5）cfDNA；
（6）唾液；
（7）其他樣本類型。
3、高度準確和精確的檢測數(shù)據(jù)
935K 甲基化芯片檢測能夠檢測到 0.2 的 beta 值差異，假陽性率低于 1%，從而實現(xiàn)了較 高的分析靈敏度，同時也具有極好的數(shù)據(jù)可重現(xiàn)性。如下圖（A）935K 芯片技術重復相關 性 R2>0.99（B）935K 芯片和 850K 的交集探針間的相關性 R2>0.99。（C）935K 芯片數(shù)據(jù) 與甲基化測序（100×測序深度）的相關性 R 2>96%。
1、成熟的服務平臺：穩(wěn)定而系統(tǒng)的芯片實驗全面解決方案，可為客戶提供總 DNA 抽提、樣品質(zhì)檢、RNA 標記、雜交、洗脫、圖像掃描、數(shù)據(jù)分析。
2、多樣化的服務內(nèi)容：提供芯片和測序兩種高通量檢測技術以及低通量檢測技術 RT-PCR。
3、專業(yè)的實驗人員：從 DNA 抽提到芯片雜交均配有專業(yè)的實驗人員，豐富的芯片操作經(jīng)驗，確保芯片實驗順利完成。
4、專業(yè)的分析團隊：實戰(zhàn)經(jīng)驗豐富的分析團隊，除能快速完成基礎分析外，還能根據(jù)客戶需求完成個性化分析，提供各類高大上的圖表。
伯豪生物在甲基化芯片檢測方面積攢了大量的項目經(jīng)驗，處理過各種類型的人類樣本，包括血液，組織和 FFPE 樣本等超過 1000 例。大項目經(jīng)驗豐富，服務過幾十個單個項目在 50 萬以上的客戶，無論從項目的方案設計，數(shù)據(jù)分析等方面都給客戶提供了強有力的支持。目前服務的表觀研究方向的客戶，發(fā)表文章最高的 JCO（IF>20）上，累計影響因子超過 150。
935K 芯片是 850K 芯片的升級版，具有以下優(yōu)勢：
（1）全面的基因組覆蓋范圍：檢測 > 935,000 個 CpG 位點，全面覆蓋 CpG 島、啟動子、編碼區(qū)及增強子。
（2）探針位點的全面優(yōu)化：在 EPICv1.0-850K 的基礎上去除了性能不佳的探針，新增 186,000 個 CpG 靶向增強子和超級增強子、更多 CTCF 結合位點、CNV 檢測區(qū)域、EPIC v1.0 覆蓋不足的 CpG 島以及常見癌癥驅(qū)動突變。
（3）兼容多種樣本類型，包括 FFPE。
（4）高質(zhì)量的數(shù)據(jù)：沿用了 450k 芯片的 Infinium 技術，同時采用 Infinium I 及 II 探針設計，使檢測范圍最大化。
（5）分辨率高：單堿基分辨率，可以直接檢測到發(fā)生甲基化的準確位點。
（6）可重復性高：自身技術重復間的相關性以及與 850K 相同探針間的相關性 R2 > 0.99。
935K 芯片是 850K 芯片的升級版，應用領域（醫(yī)口方向）：
（1）腫瘤；肺癌，食管癌，膠質(zhì)瘤，白血病等；
（2）復雜疾?。禾悄虿?，高血壓，免疫性疾病，抑郁癥等；
（3）發(fā)育：胚胎發(fā)育，神經(jīng)分化，器官分化等；
（4）環(huán)境互作：同性戀，PM2.5，鉛污染，吸煙，孕期暴露等；
（5）早篩：腫瘤早篩標志物，復發(fā)標志物，預后標志物；
（6）衰老。
樣品類型：組織、細胞、基因組 DNA
樣品純度：OD 260/280 值應在 1.7～2.0 之間；RNA 應該去除干凈；不得有其它個體或其它物種的 DNA 污染。
樣品濃度：濃度不低于 50ng/μl；
樣品總量：每個樣品總量不少于 500ng。
樣品溶劑：溶解在 TE 中。
樣品運輸：DNA 低溫運輸（-20℃）；在運輸過程中請用 parafilm 將管口密封好，以防出現(xiàn)污染。
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