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伯豪生物
Nature 文獻集錦 | 常見腫瘤研究系列——婦科腫瘤
發(fā)布時間:2020-07-28 瀏覽次數(shù):7511
癌癥的發(fā)生源于DNA變異這一觀點已被熟知,Nature、Cell等高水平雜志報道過很多關于子宮內(nèi)膜癌原發(fā)和轉(zhuǎn)移突變圖譜,那么正常子宮內(nèi)膜是否也有突變,突變情況又如何呢?2020.4.22發(fā)表于《Nature》的文章初次揭開正常人類子宮內(nèi)膜上皮細胞突變圖譜的神秘面紗。

子宮內(nèi)膜癌是婦科三大惡性腫瘤之一,約占女性惡性腫瘤的 7%,占女性生殖系統(tǒng)惡性腫瘤的 20%~30%。在歐美國家是一種發(fā)病率高的婦科惡性腫瘤,在我國也呈逐年增多的現(xiàn)象。隨著分子生物學檢測的迅速發(fā)展,發(fā)現(xiàn)子宮內(nèi)膜癌的發(fā)生發(fā)展與原癌基因、抑癌基因的基因突變有密切關系。腫瘤分子機制研究可以為子宮內(nèi)膜癌的臨床診斷、精準分型、靶向治療或免疫治療提供新思路。

癌癥的發(fā)生源于 DNA 變異這一觀點已被熟知,Nature、Cell 等高水平雜志報道過很多關于子宮內(nèi)膜癌原發(fā)和轉(zhuǎn)移突變圖譜,那么正常子宮內(nèi)膜是否也有突變,突變情況又如何呢?文獻 1 是 2020.4.22 發(fā)表于《Nature》的文章初次揭開正常人類子宮內(nèi)膜上皮細胞突變圖譜的神秘面紗。


文章展示

文獻 1:正常子宮內(nèi)膜上皮的突變圖譜

正常子宮內(nèi)膜上皮的突變圖譜

該研究人員通過激光捕獲顯微鏡從 28 個婦女分離了 292 份子宮內(nèi)膜樣本進行全基因組重測序,平均測序深度 28×,與對照組織樣本相比分析所取樣本的體細胞突變情況。左圖是正常內(nèi)膜腺體的取樣部位及顯微鏡觀察結(jié)果,顯微鏡下的細胞形態(tài)正常,如下右圖測序數(shù)據(jù)分析卻發(fā)現(xiàn)存在著大量驅(qū)動基因突變,年齡較小的攜帶者是 24 歲。研究人員認為雖然大多數(shù)子宮內(nèi)膜癌的發(fā)生年齡較晚,但基因變異可能在生命早期就開始出現(xiàn)。

 子宮內(nèi)膜樣本全基因組重測序

腫瘤驅(qū)動基因和系統(tǒng)進化分析(如下圖),PIK3CA 是所有樣本中常見的體細胞突變基因,其他體細胞突變基因還包括在編碼生長因子受體(ERBB2,ERBB3 和 FGFR2),信號轉(zhuǎn)導通路的組成部分(HRAS、KRAS、BRAF、PIK3CA、PIK3R1、ARHGAP35、RRAS2、NF1、PPP2R1A 和 PTEN),類固醇有關途徑(ZFHX3、FOXA2 和 ARHGAP35)、參與染色質(zhì)功能的蛋白(KMT2D 和 ARID5B) 和蛋白介導的降解途徑(FBXW7)。

信號通路生信分析

文獻 2:子宮內(nèi)膜癌進展和盆腔轉(zhuǎn)移的基因組圖譜及進化的研究

 子宮內(nèi)膜癌進展和盆腔轉(zhuǎn)移基因組圖譜進化研究

研究人員對 98 例腫瘤活組織樣本包括復雜的非典型的增生組織、原發(fā)瘤組織和配對的腹腔骨盆轉(zhuǎn)移瘤進行全外顯子測序,從而研究出子宮內(nèi)膜癌的進化基因譜圖。對癌癥基因組圖譜(The Cancer Genome Atlas,TCGA)的數(shù)據(jù)重新分析發(fā)現(xiàn)了發(fā)現(xiàn)轉(zhuǎn)移瘤和原發(fā)瘤兩者間的差異,以及鑒別原發(fā)性腫瘤中反復發(fā)生的突變。研究結(jié)果發(fā)現(xiàn)在原發(fā)和轉(zhuǎn)移瘤中的組織樣本中都可以檢測到驅(qū)動基因突變,但 ARID1A 突變除外。腫瘤進化分析發(fā)現(xiàn)轉(zhuǎn)移樣本在進化分支上呈現(xiàn)明顯聚集,而且主要來自一個原發(fā)中不存在的共同祖先亞克隆。這些數(shù)據(jù)表明在原發(fā)腫瘤中存在異質(zhì)性,而在轉(zhuǎn)移瘤中有相對同質(zhì)性特點。

癌癥基因組圖譜
 子宮內(nèi)膜癌進展和盆腔轉(zhuǎn)移基因組圖譜進化研究

非典型增生、原發(fā)性和轉(zhuǎn)移性子宮內(nèi)膜癌的體細胞變異情況。自上而下分別為每個腫瘤活檢樣本檢測到的外顯子突變、SCNAs 數(shù)目、PTEN、TP53、1q 擴增狀態(tài)、組織亞型、TCGA 注釋和組織類型。




文獻 3:漿液性子宮內(nèi)膜腫瘤的外顯子組測序鑒定了染色質(zhì)重塑和泛素連接酶復合基因的體細胞突變

 漿液性子宮內(nèi)膜腫瘤的外顯子組測序鑒定

子宮內(nèi)膜癌主要分為三個亞型:子宮內(nèi)膜樣癌、漿液性癌和透明細胞癌。每個亞型由一些不同的遺傳改變引起,并具有不同的預后。研究人員使用全外顯子組測序(WES) 分析 13 例原發(fā)漿液性子宮內(nèi)膜腫瘤中約 22000 個蛋白編碼基因的體細胞突變。隨后對在多個腫瘤中發(fā)生突變的 18 個基因和 / 或從另外 40 個漿液性腫瘤中形成豐富功能分組的基因進行了重新測序發(fā)現(xiàn) CHD4 的體細胞突變頻率(17%),EP300(8%)、ARID1A(6%)、TSPYL2(6%)、FBXW7(29%)、SPOP(8%)、MAP3K4(6%) 和 ABCC9 (6%)。

基因重測序生信分析圖

26 個漿液性和 8 個透明細胞子宮內(nèi)膜腫瘤中泛素連接酶復合基因和染色質(zhì)重塑基因中非同義體細胞突變的情況,26 個漿液性腫瘤中 TP53,PPP2R1A 和 PIK3CA 的突變情況。黃色條表示非同義的體細胞突變。

 

三篇文獻均是大隊列樣本揭示的體細胞突變圖譜,隨著分子生物學的發(fā)展,許多新的與子宮內(nèi)膜癌相關的基因突變和信號通路異常被發(fā)現(xiàn),基因檢測手段對于子宮內(nèi)膜癌的診斷、分型及治療都具有十分重要的意義,在手術治療、放療與化療治療手段的基礎上配合使用針對基因突變、信號通路異常的靶向藥物將可能成為子宮內(nèi)膜癌治療的方案。靶向基因測序因其針對性強、測序深度高、性價比高的特點而得到廣泛應用。根據(jù)科研和臨床應用的不同需求,可選擇全基因組測序、全外顯子組測序、目標基因靶向測序服務。



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