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【標(biāo)題】粘膜或全身暴露于微生物群影響 B 細(xì)胞庫的形成
【平臺(tái)】10X?V(D)J
【期刊】Nature（IF=43.1）
【時(shí)間】2020-08-05
【摘要】微生物群定植會(huì)刺激 B 細(xì)胞，誘導(dǎo)免疫球蛋白，但許多菌群定植的哺乳動(dòng)物擁有高度復(fù)雜和個(gè)體化的免疫球蛋白庫。研究人員使用簡化的模型，對無菌小鼠中不同微生物群進(jìn)行瞬時(shí)暴露，以探究微生物群如何塑造 B 細(xì)胞庫及其功能響應(yīng)能力。他們通過深度測序跟蹤了 B 細(xì)胞群體以及單細(xì)胞中免疫球蛋白庫的發(fā)展。腸道粘膜上的微生物暴露所產(chǎn)生的寡克隆反應(yīng)不同于無菌小鼠，并且不同于靜脈注射導(dǎo)致全身性暴露于微生物群后所產(chǎn)生的多樣性。劑量遞增后，IgA 庫（主要識別細(xì)胞表面抗原）沒有擴(kuò)增，而全身性接觸微生物使 IgG 庫增加并可識別微生物細(xì)胞質(zhì)和細(xì)胞表面抗原。暴露于微生物主要影響 B 細(xì)胞在記憶和漿細(xì)胞階段特征性免疫球蛋白重鏈庫的形成。有序地全身性暴露于不同的微生物類群可使 IgG 種類多樣化，并促進(jìn)了其他特異性反應(yīng)，而依次暴露于粘膜則產(chǎn)生有限的重疊種類，并且會(huì)破壞初始 IgA 結(jié)合特異性。這顯示了免疫系統(tǒng)對全身性暴露的靈活反應(yīng)和避免致命性敗血癥反應(yīng)，這與暴露于粘膜后產(chǎn)生的受限反應(yīng)之間形成對比，反映了粘膜中宿主 - 共生微生物的一般性質(zhì)。
【標(biāo)題】有袋動(dòng)物胚胎發(fā)生和 X 失活的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組圖譜
【平臺(tái)】Smart-seq2
【期刊】Nature（IF=43.1）
【時(shí)間】2020-08-19
【摘要】胚胎的單細(xì)胞 RNA 測序可以以前所未有的分辨率解決發(fā)育的轉(zhuǎn)錄環(huán)境。迄今為止，關(guān)于哺乳動(dòng)物胚胎單細(xì)胞 RNA 測序的研究主要集中在真哺乳亞綱動(dòng)物。對哺乳動(dòng)物之外群體的分析有可能發(fā)現(xiàn)高度保守的譜系特征和多能性因素，并且可以擴(kuò)展人們對 X 劑量補(bǔ)償?shù)睦斫狻４蠹s在 1.6 億年前，后哺乳下綱（有袋類）哺乳動(dòng)物與真獸亞綱哺乳動(dòng)物分離。它們具有獨(dú)特的發(fā)育特征，包括晚期著床和印跡 X 染色體失活，這與 XIST 樣非編碼 RNA?RSX3 的表達(dá)有關(guān)。本文研究者對有袋類動(dòng)物灰色短尾負(fù)鼠（Monodelphis?domestica) 的胚胎發(fā)生和 X 染色體失活進(jìn)行了單細(xì)胞 RNA 測序分析。研究人員揭示了表皮細(xì)胞、原始內(nèi)胚層和滋養(yǎng)外胚層的發(fā)育軌跡和轉(zhuǎn)錄特征，并鑒定了真獸亞綱動(dòng)物 - 有袋動(dòng)物分離之前深度保守的譜系特異標(biāo)記。RSX 包被和 X 染色體失活在發(fā)育早期快速產(chǎn)生。該研究結(jié)果支持以下假說：在具有早期 X 染色體失活的生物中，印跡 X 染色體失活可阻止雙等位基因 X 沉默。研究者發(fā)現(xiàn) XSR 是一種從活性 X 染色體表達(dá)的 RSX 反義轉(zhuǎn)錄本，是印跡 X 染色體失活的候選調(diào)控因子。該研究數(shù)據(jù)集在進(jìn)化上提供了對哺乳動(dòng)物胚胎發(fā)育和 X 劑量補(bǔ)償?shù)男乱娊狻?/font>
【標(biāo)題】異型細(xì)胞 - 細(xì)胞通訊調(diào)節(jié)腺干細(xì)胞的多能性
【平臺(tái)】Smart-seq2
【期刊】Nature（IF=43.1）
【時(shí)間】2020-08-26
【摘要】腺上皮包括乳腺和前列腺，由基底細(xì)胞（BCs) 和腔細(xì)胞（LCs) 組成。許多腺上皮細(xì)胞是由多能基底干細(xì)胞（BSCs) 發(fā)育而來的，成年后這些細(xì)胞會(huì)被不同的單能干細(xì)胞所取代。然而，成體單能骨髓干細(xì)胞在再生條件下和癌基因表達(dá)時(shí)可以重新激活多能性。這表明，在正常生理?xiàng)l件下，一種活躍的機(jī)制限制了 BSC 的多能性，盡管這種機(jī)制的性質(zhì)尚不清楚。本文研究者表明 LCS 的消融可以在小鼠體內(nèi)和體外在器官中重新激活來自多個(gè)上皮細(xì)胞的 BSCs 的多能性。Bulk 和單細(xì)胞 RNA 測序顯示在 LC 消融后，BSCs 在產(chǎn)生 LCs 之前激活了一個(gè)混合的基底和腔細(xì)胞分化程序，這讓人想起在胚胎發(fā)育過程中調(diào)節(jié)多能性的遺傳程序。通過從單細(xì)胞數(shù)據(jù)預(yù)測配體 - 受體對，研究者發(fā)現(xiàn) LCS 分泌的 TNF- 在正常生理?xiàng)l件下限制了 BC 的多能性。相反，LC 消融后，Notch、Wnt 和 EGFR 通路在 BSCs 及其子代中被激活，阻斷這些通路或刺激 TNF 通路可抑制再生誘導(dǎo)的 BC 多能性。本研究表明，LCS 和 BCS 之間的異型交流對于維持腺上皮干細(xì)胞的譜系保真度是必不可少的。
【標(biāo)題】結(jié)合 scRNA-Seq 和細(xì)胞內(nèi)蛋白活性揭示 TREM2 在腫瘤中的免疫抑制作用
【平臺(tái)】10X5，MARS-seq?2.0，CyTOF??
【期刊】Cell（IF=36.2）
【時(shí)間】2020-08-11
【摘要】細(xì)胞功能和活性是通過整合信號、表觀遺傳、轉(zhuǎn)錄和代謝途徑來調(diào)節(jié)的。本文介紹 INS-SEQ，一種大規(guī)模并行記錄單細(xì)胞 RNA 序列（scRNA-SEQ) 和細(xì)胞內(nèi)蛋白質(zhì)活性的集成技術(shù)。研究者通過分析免疫信號、轉(zhuǎn)錄因子組合和代謝活性的不同細(xì)胞內(nèi)信號，展示了 INS-SEQ 在發(fā)現(xiàn)新的免疫亞群方面的廣泛用途。腫瘤模型中表達(dá)精氨酸酶 1 的細(xì)胞的綜合圖譜是抑制活性的代謝免疫標(biāo)志，發(fā)現(xiàn)了新的 Arg1+TREM2+ 調(diào)節(jié)性髓樣（MREG) 細(xì)胞，并確定了與這些細(xì)胞相關(guān)的標(biāo)志物、代謝活性和途徑。TREM2 基因消融可抑制腫瘤內(nèi) MREG 細(xì)胞的積聚，導(dǎo)致功能障礙的 CD8+ T 細(xì)胞明顯減少，腫瘤生長減慢。這項(xiàng)研究建立了 INS-SEQ 作為一種廣泛適用的技術(shù)，用于闡明整合的轉(zhuǎn)錄和細(xì)胞內(nèi)圖譜，并鑒定腫瘤中髓系抑制細(xì)胞的分子特征。
【標(biāo)題】單細(xì)胞 RNA 測序揭示肺癌治療誘導(dǎo)的進(jìn)化
【平臺(tái)】Smart-seq2
【期刊】Cell（IF=36.2）
【時(shí)間】2020-08-20
【摘要】肺癌是癌癥死亡的主要原因，它表現(xiàn)出異質(zhì)性，這使得適應(yīng)性成為可能，限制了治療的成功，并且仍然不完全清楚。對 30 例轉(zhuǎn)移性肺癌患者在靶向治療前和治療期間的 49 例臨床活檢標(biāo)本進(jìn)行了單細(xì)胞 RNA 序列測定（scRNA-seq)。20,000 多份癌癥和腫瘤微環(huán)境（TME) 單細(xì)胞圖譜揭示了一個(gè)豐富而充滿活力的腫瘤生態(tài)系統(tǒng)。癌細(xì)胞的 scRNA-seq 比臨床檢測到的基因更能照亮靶向癌基因。作為殘留?。≧D) 在治療中存活的癌細(xì)胞表現(xiàn)出肺泡再生細(xì)胞信號，提示治療誘導(dǎo)的原始細(xì)胞狀態(tài)轉(zhuǎn)變，而那些出現(xiàn)在腫瘤治療進(jìn)展性疾病（PD) 中的癌細(xì)胞上調(diào)了犬尿氨酸、纖溶酶原和縫隙連接通路。RD 組 T 淋巴細(xì)胞活躍，巨噬細(xì)胞減少，PD 表現(xiàn)為免疫抑制細(xì)胞狀態(tài)。ScRNA-seq 揭示的生物學(xué)特征是獨(dú)立隊(duì)列中臨床結(jié)果的生物標(biāo)志物。這項(xiàng)研究強(qiáng)調(diào)了治療誘導(dǎo)的轉(zhuǎn)移性癌癥多細(xì)胞生態(tài)系統(tǒng)的適應(yīng)如何影響臨床結(jié)果。
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下表列出 41 篇文獻(xiàn)信息，一起看看有沒有您關(guān)注的研究方向，可提供相關(guān)原文。
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【標(biāo)題】粘膜或全身暴露于微生物群影響 B 細(xì)胞庫的形成
【平臺(tái)】10X?V(D)J
【期刊】Nature（IF=43.1）
【時(shí)間】2020-08-05
【摘要】微生物群定植會(huì)刺激 B 細(xì)胞，誘導(dǎo)免疫球蛋白，但許多菌群定植的哺乳動(dòng)物擁有高度復(fù)雜和個(gè)體化的免疫球蛋白庫。研究人員使用簡化的模型，對無菌小鼠中不同微生物群進(jìn)行瞬時(shí)暴露，以探究微生物群如何塑造 B 細(xì)胞庫及其功能響應(yīng)能力。他們通過深度測序跟蹤了 B 細(xì)胞群體以及單細(xì)胞中免疫球蛋白庫的發(fā)展。腸道粘膜上的微生物暴露所產(chǎn)生的寡克隆反應(yīng)不同于無菌小鼠，并且不同于靜脈注射導(dǎo)致全身性暴露于微生物群后所產(chǎn)生的多樣性。劑量遞增后，IgA 庫（主要識別細(xì)胞表面抗原）沒有擴(kuò)增，而全身性接觸微生物使 IgG 庫增加并可識別微生物細(xì)胞質(zhì)和細(xì)胞表面抗原。暴露于微生物主要影響 B 細(xì)胞在記憶和漿細(xì)胞階段特征性免疫球蛋白重鏈庫的形成。有序地全身性暴露于不同的微生物類群可使 IgG 種類多樣化，并促進(jìn)了其他特異性反應(yīng)，而依次暴露于粘膜則產(chǎn)生有限的重疊種類，并且會(huì)破壞初始 IgA 結(jié)合特異性。這顯示了免疫系統(tǒng)對全身性暴露的靈活反應(yīng)和避免致命性敗血癥反應(yīng)，這與暴露于粘膜后產(chǎn)生的受限反應(yīng)之間形成對比，反映了粘膜中宿主 - 共生微生物的一般性質(zhì)。
【標(biāo)題】有袋動(dòng)物胚胎發(fā)生和 X 失活的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組圖譜
【平臺(tái)】Smart-seq2
【期刊】Nature（IF=43.1）
【時(shí)間】2020-08-19
【摘要】胚胎的單細(xì)胞 RNA 測序可以以前所未有的分辨率解決發(fā)育的轉(zhuǎn)錄環(huán)境。迄今為止，關(guān)于哺乳動(dòng)物胚胎單細(xì)胞 RNA 測序的研究主要集中在真哺乳亞綱動(dòng)物。對哺乳動(dòng)物之外群體的分析有可能發(fā)現(xiàn)高度保守的譜系特征和多能性因素，并且可以擴(kuò)展人們對 X 劑量補(bǔ)償?shù)睦斫狻４蠹s在 1.6 億年前，后哺乳下綱（有袋類）哺乳動(dòng)物與真獸亞綱哺乳動(dòng)物分離。它們具有獨(dú)特的發(fā)育特征，包括晚期著床和印跡 X 染色體失活，這與 XIST 樣非編碼 RNA?RSX3 的表達(dá)有關(guān)。本文研究者對有袋類動(dòng)物灰色短尾負(fù)鼠（Monodelphis?domestica) 的胚胎發(fā)生和 X 染色體失活進(jìn)行了單細(xì)胞 RNA 測序分析。研究人員揭示了表皮細(xì)胞、原始內(nèi)胚層和滋養(yǎng)外胚層的發(fā)育軌跡和轉(zhuǎn)錄特征，并鑒定了真獸亞綱動(dòng)物 - 有袋動(dòng)物分離之前深度保守的譜系特異標(biāo)記。RSX 包被和 X 染色體失活在發(fā)育早期快速產(chǎn)生。該研究結(jié)果支持以下假說：在具有早期 X 染色體失活的生物中，印跡 X 染色體失活可阻止雙等位基因 X 沉默。研究者發(fā)現(xiàn) XSR 是一種從活性 X 染色體表達(dá)的 RSX 反義轉(zhuǎn)錄本，是印跡 X 染色體失活的候選調(diào)控因子。該研究數(shù)據(jù)集在進(jìn)化上提供了對哺乳動(dòng)物胚胎發(fā)育和 X 劑量補(bǔ)償?shù)男乱娊狻?/font>
【標(biāo)題】異型細(xì)胞 - 細(xì)胞通訊調(diào)節(jié)腺干細(xì)胞的多能性
【平臺(tái)】Smart-seq2
【期刊】Nature（IF=43.1）
【時(shí)間】2020-08-26
【摘要】腺上皮包括乳腺和前列腺，由基底細(xì)胞（BCs) 和腔細(xì)胞（LCs) 組成。許多腺上皮細(xì)胞是由多能基底干細(xì)胞（BSCs) 發(fā)育而來的，成年后這些細(xì)胞會(huì)被不同的單能干細(xì)胞所取代。然而，成體單能骨髓干細(xì)胞在再生條件下和癌基因表達(dá)時(shí)可以重新激活多能性。這表明，在正常生理?xiàng)l件下，一種活躍的機(jī)制限制了 BSC 的多能性，盡管這種機(jī)制的性質(zhì)尚不清楚。本文研究者表明 LCS 的消融可以在小鼠體內(nèi)和體外在器官中重新激活來自多個(gè)上皮細(xì)胞的 BSCs 的多能性。Bulk 和單細(xì)胞 RNA 測序顯示在 LC 消融后，BSCs 在產(chǎn)生 LCs 之前激活了一個(gè)混合的基底和腔細(xì)胞分化程序，這讓人想起在胚胎發(fā)育過程中調(diào)節(jié)多能性的遺傳程序。通過從單細(xì)胞數(shù)據(jù)預(yù)測配體 - 受體對，研究者發(fā)現(xiàn) LCS 分泌的 TNF- 在正常生理?xiàng)l件下限制了 BC 的多能性。相反，LC 消融后，Notch、Wnt 和 EGFR 通路在 BSCs 及其子代中被激活，阻斷這些通路或刺激 TNF 通路可抑制再生誘導(dǎo)的 BC 多能性。本研究表明，LCS 和 BCS 之間的異型交流對于維持腺上皮干細(xì)胞的譜系保真度是必不可少的。
【標(biāo)題】結(jié)合 scRNA-Seq 和細(xì)胞內(nèi)蛋白活性揭示 TREM2 在腫瘤中的免疫抑制作用
【平臺(tái)】10X5，MARS-seq?2.0，CyTOF??
【期刊】Cell（IF=36.2）
【時(shí)間】2020-08-11
【摘要】細(xì)胞功能和活性是通過整合信號、表觀遺傳、轉(zhuǎn)錄和代謝途徑來調(diào)節(jié)的。本文介紹 INS-SEQ，一種大規(guī)模并行記錄單細(xì)胞 RNA 序列（scRNA-SEQ) 和細(xì)胞內(nèi)蛋白質(zhì)活性的集成技術(shù)。研究者通過分析免疫信號、轉(zhuǎn)錄因子組合和代謝活性的不同細(xì)胞內(nèi)信號，展示了 INS-SEQ 在發(fā)現(xiàn)新的免疫亞群方面的廣泛用途。腫瘤模型中表達(dá)精氨酸酶 1 的細(xì)胞的綜合圖譜是抑制活性的代謝免疫標(biāo)志，發(fā)現(xiàn)了新的 Arg1+TREM2+ 調(diào)節(jié)性髓樣（MREG) 細(xì)胞，并確定了與這些細(xì)胞相關(guān)的標(biāo)志物、代謝活性和途徑。TREM2 基因消融可抑制腫瘤內(nèi) MREG 細(xì)胞的積聚，導(dǎo)致功能障礙的 CD8+ T 細(xì)胞明顯減少，腫瘤生長減慢。這項(xiàng)研究建立了 INS-SEQ 作為一種廣泛適用的技術(shù)，用于闡明整合的轉(zhuǎn)錄和細(xì)胞內(nèi)圖譜，并鑒定腫瘤中髓系抑制細(xì)胞的分子特征。
【標(biāo)題】單細(xì)胞 RNA 測序揭示肺癌治療誘導(dǎo)的進(jìn)化
【平臺(tái)】Smart-seq2
【期刊】Cell（IF=36.2）
【時(shí)間】2020-08-20
【摘要】肺癌是癌癥死亡的主要原因，它表現(xiàn)出異質(zhì)性，這使得適應(yīng)性成為可能，限制了治療的成功，并且仍然不完全清楚。對 30 例轉(zhuǎn)移性肺癌患者在靶向治療前和治療期間的 49 例臨床活檢標(biāo)本進(jìn)行了單細(xì)胞 RNA 序列測定（scRNA-seq)。20,000 多份癌癥和腫瘤微環(huán)境（TME) 單細(xì)胞圖譜揭示了一個(gè)豐富而充滿活力的腫瘤生態(tài)系統(tǒng)。癌細(xì)胞的 scRNA-seq 比臨床檢測到的基因更能照亮靶向癌基因。作為殘留?。≧D) 在治療中存活的癌細(xì)胞表現(xiàn)出肺泡再生細(xì)胞信號，提示治療誘導(dǎo)的原始細(xì)胞狀態(tài)轉(zhuǎn)變，而那些出現(xiàn)在腫瘤治療進(jìn)展性疾病（PD) 中的癌細(xì)胞上調(diào)了犬尿氨酸、纖溶酶原和縫隙連接通路。RD 組 T 淋巴細(xì)胞活躍，巨噬細(xì)胞減少，PD 表現(xiàn)為免疫抑制細(xì)胞狀態(tài)。ScRNA-seq 揭示的生物學(xué)特征是獨(dú)立隊(duì)列中臨床結(jié)果的生物標(biāo)志物。這項(xiàng)研究強(qiáng)調(diào)了治療誘導(dǎo)的轉(zhuǎn)移性癌癥多細(xì)胞生態(tài)系統(tǒng)的適應(yīng)如何影響臨床結(jié)果。
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