文章展示

轉(zhuǎn)眼 9 月已經(jīng)過(guò)去，小編在這里為大家精心上收集了以 DNA 甲基化研究為主題的新研究成果，截止現(xiàn)在，9 月以 DNA methylation 為關(guān)鍵詞檢索到的文獻(xiàn)一共有 603 篇，小編在這里為大家精心挑選了以下 6 篇作為重點(diǎn)分享，主要通過(guò) 850K 和 WGBS 研究二型糖尿病、神經(jīng)膠質(zhì)瘤、神經(jīng)節(jié)旁瘤、亨廷頓舞蹈癥、上皮星形細(xì)胞瘤、吸煙對(duì)機(jī)體 DNA 甲基化修飾的影響等。在文末附表中列出更多 DNA 甲基化研究的文獻(xiàn)和高分綜述的研究方向、登刊時(shí)間、技術(shù)平臺(tái)和摘要等信息，讓您不用再費(fèi)時(shí)費(fèi)力搜索，就能輕松獲取 9 月新的 DNA 甲基化研究成果和動(dòng)態(tài)，平均 IF>10。

標(biāo)題：Epigenetic markers associated with metformin response and intolerance in drug-na?ve patients with type 2 diabetes 

未接受過(guò)藥物治療的 2 型糖尿病患者中與二甲雙胍反應(yīng)和不耐受相關(guān)的表觀(guān)遺傳標(biāo)記

時(shí)間：2020/9/16

單位：瑞典斯坎尼亞大學(xué)

期刊：Sci Transl Med  16.304 

平臺(tái)：850K

摘要：

二甲雙胍是用于治療 2 型糖尿?。═2D）的一種藥物療法。但是，許多 T2D 患者對(duì)二甲雙胍的反應(yīng)或耐受性都不佳。當(dāng)前，沒(méi)有能夠成功預(yù)測(cè)對(duì)二甲雙胍的血糖反應(yīng)或耐受性的表型。作者通過(guò)分析未確診的 T2D 患者在診斷時(shí)的全基因組 DNA 甲基化，探索基于血液的表觀(guān)遺傳標(biāo)記是否可以區(qū)分二甲雙胍反應(yīng)和耐受性。在測(cè)試人群中，血糖反應(yīng)者 / 無(wú)反應(yīng)者和二甲雙胍耐受 / 不耐受的患者分別有 11 和 4 個(gè)位點(diǎn)的 DNA 甲基化不同。這些位點(diǎn)的甲基化程度較高，對(duì)二甲雙胍無(wú)反應(yīng)或不耐受的風(fēng)險(xiǎn)較高，且甲基化程度的比值比在 1.43 至 3.09 之間。血糖反應(yīng)者和無(wú)反應(yīng)者的 11 個(gè)已鑒定位點(diǎn)的甲基化風(fēng)險(xiǎn)評(píng)分（MRS）有所不同，曲線(xiàn)下面積（AUC）為 0.80 至 0.98。二甲雙胍不耐受相關(guān)的 4 個(gè)位點(diǎn)的 MRS 產(chǎn)生的 AUC 為 0.85 至 0.93。這些基于血液的甲基化標(biāo)記中反映了部分脂肪組織（糖尿病發(fā)病機(jī)理中的關(guān)鍵組織）的表觀(guān)遺傳模式，并且這些甲基化標(biāo)記被注釋為具有改變二甲雙胍相關(guān)表型的肝細(xì)胞生物學(xué)功能的基因?？傮w而言，作者通過(guò)在未經(jīng)藥物治療的 T2D 患者中檢測(cè)血源性表觀(guān)遺傳標(biāo)記，從而在診斷時(shí)區(qū)分血糖反應(yīng)者 / 非反應(yīng)者和受試者對(duì)二甲雙胍耐受 / 不耐受。可以進(jìn)一步開(kāi)發(fā)這種基于表觀(guān)遺傳學(xué)的工具，以幫助患有 T2D 的患者接受治療。

標(biāo)題：Germline-driven replication repair-deficient high-grade gliomas exhibit unique hypomethylation patterns

生殖細(xì)胞驅(qū)動(dòng)的復(fù)制修復(fù)缺陷型高級(jí)神經(jīng)膠質(zhì)瘤表現(xiàn)出獨(dú)特的低甲基化模式

時(shí)間：2020/9/8

單位：基督城醫(yī)院

期刊：Acta Neuropathol  14.254 

平臺(tái)：450K 芯片、850K 芯片

摘要：

盡管高級(jí)神經(jīng)膠質(zhì)瘤（HGG）呈現(xiàn)出與致癌突變相對(duì)應(yīng)的 DNA 甲基化的特定模式，但在復(fù)制修復(fù)缺陷型腫瘤中尚未對(duì)此進(jìn)行深入研究。作者利用 450 k 或 850 k 分析了復(fù)制修復(fù)缺陷（RRD）背景下的 51 個(gè) HGG，并將這些與 HRG 進(jìn)行比較。在神經(jīng)膠質(zhì)瘤基因（如 IDH1 和 H3F3A）中具有次級(jí)突變的 RRD HGG 顯示出與這些甲基化亞型相對(duì)應(yīng)的甲基化模式。對(duì)兩個(gè)比較集 HGG 隊(duì)列的獨(dú)立分析顯示，其他 RRD / 超突變腫瘤聚集在這些亞組中，這些結(jié)果表明未診斷的 RRD 可能正在此位置驅(qū)動(dòng)某些 HGG 聚集。與其他癌癥中描述的 CpG 島甲基化表型相反，RRD HGG 顯示出獨(dú)特的 CpG 島甲基化表型。次級(jí)甲基化富集結(jié)果位于基因啟動(dòng)子區(qū)域，在對(duì)細(xì)胞存活至關(guān)重要的基因和途徑（包括細(xì)胞周期，基因表達(dá)，細(xì)胞代謝和組織）中具有顯著的去甲基化作用。這些數(shù)據(jù)表明，甲基化陣列可為 RRD HGG 的檢測(cè)提供診斷信息。

標(biāo)題：The immunohistochemical, DNA methylation, and chromosomal copy number profile of cauda equina paraganglioma is distinct from extra-spinal paraganglioma

神經(jīng)節(jié)旁瘤的免疫組織化學(xué)，DNA 甲基化和染色體拷貝數(shù)特征與脊柱外神經(jīng)節(jié)瘤不同

時(shí)間：2020/9/6

單位：加利福尼亞大學(xué)舊金山分校

期刊：Acta Neuropathol  14.254 

平臺(tái)：850K 芯片

摘要：

神經(jīng)節(jié)旁瘤是自主神經(jīng)系統(tǒng)的神經(jīng)內(nèi)分泌腫瘤，其臨床功能各不相同，并且具有轉(zhuǎn)移的潛力。遺傳綜合征的發(fā)生率高達(dá) 40%， 常見(jiàn)的原因是琥珀酸脫氫酶（SDHx）基因的種系突變。在免疫組織化學(xué)上，副神經(jīng)節(jié)瘤的特征是 GATA3 陽(yáng)性和細(xì)胞角蛋白陰性，在大多數(shù)遺傳病例中 SDHB 表達(dá)喪失。相比之下，馬尾區(qū)（CEP）或 FI 末端區(qū)域中罕見(jiàn)的神經(jīng)節(jié)旁瘤已被證明是激素沉默的，臨床上具有惰性，且具有可變的角蛋白表達(dá)，表明這些腫瘤可能代表了單獨(dú)的病理實(shí)體。作者對(duì) 11 位男性和 6 位女性患者的 17 個(gè) CEP 進(jìn)行了回顧性評(píng)估，中位年齡為 38 歲（范圍 21-82），沒(méi)有神經(jīng)內(nèi)分泌瘤的家族史。17 種腫瘤中有 6 種表現(xiàn)出明顯的神經(jīng)節(jié)細(xì)胞或神經(jīng)節(jié)神經(jīng)瘤分化。通過(guò)免疫組織化學(xué)，沒(méi)有一個(gè) CEPs 顯示出 GATA3 陽(yáng)性或 SDHB 染色消失。所有 17 個(gè) CEP 均為細(xì)胞角蛋白陽(yáng)性。對(duì) 12 個(gè)腫瘤進(jìn)行了全基因組 DNA 甲基化分析，并與可公開(kāi)獲得的全基因組 DNA 甲基化數(shù)據(jù)進(jìn)行了比較。聚類(lèi)分析表明，CEPs 形成了一個(gè)獨(dú)特的表觀(guān)遺傳組，與脊柱外部位的神經(jīng)節(jié)旁瘤，嗜鉻細(xì)胞瘤和其他神經(jīng)內(nèi)分泌腫瘤分開(kāi)?？截悢?shù)分析顯示大多數(shù) CEP 中存在二倍體基因組，而椎旁神經(jīng)節(jié)瘤大多為非整倍體。這些發(fā)現(xiàn)表明，CEP 可能代表一個(gè)獨(dú)特的實(shí)體，但需要進(jìn)一步的基因組研究來(lái)進(jìn)一步闡明這些腫瘤的分子發(fā)病機(jī)理。

標(biāo)題：DNA methylation study of Huntington's disease and motor progression in patients and in animal models

患者和動(dòng)物模型中亨廷頓舞蹈病和運(yùn)動(dòng)進(jìn)展的 DNA 甲基化研究

時(shí)間：2020/9/10 

單位：加利福尼亞大學(xué)洛杉磯分校

期刊：Nat Commun  12.121

平臺(tái)：850K 芯片、RRBS

摘要：

雖然亨廷頓舞蹈?。℉D）在孟德?tīng)栠z傳病中已經(jīng)研究的很深入，但其相關(guān)的表觀(guān)遺傳學(xué)的改變還不清楚。這篇文章中，作者研究了來(lái)自小鼠亨廷頓（Htt）基因敲入模型、轉(zhuǎn)基因 HTT 綿羊模型和人，這 3 個(gè)物種中 6 個(gè)不同組織中的 DNA 甲基化水平。作者對(duì)人類(lèi)血液的表觀(guān)基因組范圍的關(guān)聯(lián)研究（EWAS）顯示，HD 突變狀態(tài)與 33 個(gè) CpG 位點(diǎn)顯著相關(guān)（p <10 -7），其中包括 HTT 基因（p = 6.5×10 -26）。在 Q175 Htt  敲入小鼠模型中  Htt / HTT  關(guān)聯(lián)性為 p  = 6.0×10-8，轉(zhuǎn)基因綿羊模型中關(guān)聯(lián)性為 p  = 2.4×10 -88。作者基于多種臨床數(shù)據(jù)提供了一種在多個(gè)顯現(xiàn) HD 病例中評(píng)價(jià) HD 不同階段的方法。在顯現(xiàn) HD 的病例中，EWAS 結(jié)果顯示 HD 病例與鄰近 PEX14（p = 9.3×10 -9），GRIK4（p = 3.0×10 -8）和 COX4I2（p = 6.5×10 -8）三個(gè)位點(diǎn)的甲基化水平表現(xiàn)出顯著的關(guān)聯(lián)（p <10 -7）。這些結(jié)果表明，在三種哺乳動(dòng)物中都存在 HD 能夠顯著改變 DNA 甲基化水平。

標(biāo)題：A cell-type deconvolution meta-analysis of whole blood EWAS reveals lineage-specific smoking-associated DNA methylation changes

全血 EWAS 的細(xì)胞類(lèi)型反褶積薈萃分析揭示了譜系特異性吸煙相關(guān)的 DNA 甲基化變化

時(shí)間：2020/9/22 

單位：中國(guó)科學(xué)院上海營(yíng)養(yǎng)與健康研究所

期刊：Nat Commun  12.121

平臺(tái)：850K、GEO 數(shù)據(jù)庫(kù)

摘要：

許多表觀(guān)基因組廣泛關(guān)聯(lián)研究（EWAS）報(bào)道了全血中與吸煙相關(guān)的 DNA 甲基化高度可復(fù)制。這些表觀(guān)遺傳學(xué)改變可能對(duì)理解和預(yù)測(cè)吸煙相關(guān)疾病的風(fēng)險(xiǎn)具有重要意義。為此，重要的是確定這些 DNA 甲基化變化是否在所有血細(xì)胞亞型中發(fā)生或它們是否是細(xì)胞類(lèi)型特異性的。在這里，作者應(yīng)用細(xì)胞類(lèi)型反卷積算法來(lái)識(shí)別七個(gè)大型 EWAS 中的細(xì)胞類(lèi)型特異性 DNA 甲基化信號(hào)。作者發(fā)現(xiàn)，大多數(shù)高度可復(fù)制的與吸煙相關(guān)的低甲基化信號(hào)在髓系中更為突出。薈萃分析進(jìn)一步確定了與髓樣特異性吸煙相關(guān)的甲基化特征，該特征在急性髓樣白血病中富含 DNase 敏感位點(diǎn)。

標(biāo)題：Pilocytic astrocytoma demethylation and transcriptional landscapes link bZIP transcription factors to immune response

毛細(xì)胞星形細(xì)胞瘤脫甲基和轉(zhuǎn)錄環(huán)境將 bZIP 轉(zhuǎn)錄因子與免疫反應(yīng)聯(lián)系起來(lái)

時(shí)間：2020/9/29

單位：德國(guó)海德堡癌癥研究中心

期刊：Neuro Oncol  10.247 

平臺(tái)：WGBS

摘要：

上皮星形細(xì)胞瘤（PA）是常見(jiàn)的小兒腦腫瘤。盡管對(duì)基因組和轉(zhuǎn)錄組的情況進(jìn)行了充分的研究，但缺乏完整的甲基化組，腫瘤細(xì)胞組成和免疫浸潤(rùn)的數(shù)據(jù)。作者檢測(cè)了 9 個(gè) PA 和 16 個(gè)對(duì)照樣品的全基因組亞硫酸氫鹽序列（WGBS）數(shù)據(jù)，并整合了 154 個(gè) PA 和 57 個(gè)對(duì)照甲基化陣列數(shù)據(jù)。使用 49 個(gè) PA 和 11 個(gè)對(duì)照樣品的 RNA 序列數(shù)據(jù)以及 248 個(gè) PA 和 28 個(gè)對(duì)照的基因表達(dá)陣列來(lái)評(píng)估轉(zhuǎn)錄活性。部分甲基化結(jié)構(gòu)域的 DNA 甲基化模式表明，在腫瘤發(fā)生過(guò)程中，甲基化組具有很高的穩(wěn)定性。使用甲基化芯片數(shù)據(jù)比較了腫瘤和下，上鞘膜上位置的對(duì)照組織，發(fā)現(xiàn)了位點(diǎn)特異性的模式。WGBS 數(shù)據(jù)的分析顯示，與對(duì)照組織相比，PA 中有 9381 個(gè)顯著差異的甲基化區(qū)域（DMR）。發(fā)現(xiàn)五個(gè)不同的 TF 家族的增強(qiáng)子和轉(zhuǎn)錄因子（TF）家族富含 DMR。甲基化以及基于基因表達(dá)數(shù)據(jù)的計(jì)算機(jī)組織反卷積分析表明 PA 中免疫細(xì)胞浸潤(rùn)具有顯著變化。TF 網(wǎng)絡(luò)分析表明，bZIP 轉(zhuǎn)錄因子與參與免疫相關(guān)過(guò)程的基因之間存在調(diào)節(jié)關(guān)系。作者為局部甲基化差異和差異基因表達(dá)與免疫浸潤(rùn)之間的聯(lián)系提供了證據(jù)。

文章列表

文末列出了小編整理出的完整文獻(xiàn)列表，如果您對(duì)其中一些文獻(xiàn)更感興趣，就請(qǐng)聯(lián)系我們，獲得完整的文獻(xiàn)列表吧。（伯豪生物微信獲取：17702139967）

更多伯豪生物人工服務(wù)：