FFPE 處理是目前長(zhǎng)期保存病理樣本的標(biāo)準(zhǔn)化方法,保存了大量的臨床上患病和正常組織的樣本資源,該樣本代表了珍貴且來(lái)源廣泛的生物醫(yī)學(xué)研究材料,據(jù)統(tǒng)計(jì)世界上大約有數(shù)十億份組織樣品保存在醫(yī)院或者組織樣品庫(kù)中,其中大多數(shù)是 FFPE 樣品。但是由于 FFPE 樣本通常珍貴且保存時(shí)間長(zhǎng),存在 RNA/DNA 量少和高度降解的問(wèn)題,因此如何獲得 FFPE 樣本所蘊(yùn)藏的生物信息,如何利用分子生物學(xué)方法對(duì) FFPE 樣本進(jìn)行檢測(cè),進(jìn)而針對(duì) FFPE 樣本進(jìn)行高通量組學(xué)分析就變得越來(lái)越重要。針對(duì)目前熱度很高的空間轉(zhuǎn)錄組學(xué),如何實(shí)現(xiàn)對(duì) FFPE 樣本的檢測(cè)顯得尤為迫切。
10X Genomics 旗下全新的 Visium FFPE 空間基因表達(dá)解決方案,打破過(guò)去從 FFPE 組織中獲取空間全轉(zhuǎn)錄組基因表達(dá)信息的壁壘 空間轉(zhuǎn)錄組:Visium Spatial Gene Expression 技術(shù)不在局限于冰凍組織切片,10XGenomics 通過(guò)不懈的研發(fā)整合,已推出 Visium FFPE 空間基因表達(dá)解決方案,伯豪生物成為中國(guó)首批引進(jìn)該技術(shù)方案的高新技術(shù)企業(yè)之一。通過(guò)優(yōu)化后空間 Visium FFPE 全轉(zhuǎn)錄組方案,能夠從 FFPE 樣本中以高靈敏度和高特異性分析相關(guān)基因的表達(dá),在形態(tài)學(xué)背景下實(shí)現(xiàn)真正的探索發(fā)現(xiàn)。
Visium FFPE 的原理示意
Visium FFPE 的產(chǎn)品特色
(1)使用已存檔的生物庫(kù)樣本進(jìn)行生物標(biāo)記物挖掘;
(2)進(jìn)行回顧性研究和縱向研究,以追蹤特定時(shí)間內(nèi)的生物學(xué)過(guò)程;
(3)通過(guò)結(jié)合免疫熒光技術(shù),同時(shí)進(jìn)行蛋白和基因表達(dá)可視化檢測(cè);
(4)與 H & E 技術(shù)結(jié)合進(jìn)行形態(tài)學(xué)分析,充分挖掘珍貴的組織樣本中的信息;
關(guān)于 Visium FFPE
Visium FFPE 組織樣本的可視化空間基因表達(dá)是一種突破性的解決方案,它將 FFPE 組織樣本的組織學(xué)優(yōu)勢(shì)與高通量的 sc-RNA-seq 相結(jié)合,為傳統(tǒng)的病理學(xué)分析提供了詳實(shí)的補(bǔ)充。該技術(shù)可對(duì)人類和小鼠 FFPE 樣本中超過(guò) 18,000 個(gè)基因的 RNA 表達(dá)進(jìn)行高分辨率的空間分析。通過(guò)全轉(zhuǎn)錄組分析(WTA)和 FFPE 組織圖譜分析,您可以檢測(cè)任何通路中的任何基因,解決組織細(xì)胞類群組成的異質(zhì)性,并獲得這些信息在組織樣本中的空間信息。
Visium FFPE 的可視化空間基因表達(dá)在完整的 FFPE 組織切片上獲取基因表達(dá)信息,可以更深入的了解組織的生理生化特征:包括生物標(biāo)志物的發(fā)現(xiàn),對(duì)保存的樣本進(jìn)行回顧性和縱向研究,以及對(duì)正常和病變組織的比較研究。
FFPE 組織的可視化空間基因表達(dá)具有高敏感性、特異性和可重復(fù)性
Visium FFPE 對(duì)保存的 FFPE 組織樣本進(jìn)行了全組織覆蓋的轉(zhuǎn)錄組分析
應(yīng)用示例:Visium FFPE 空間技術(shù) 呈現(xiàn) 三陽(yáng)性導(dǎo)管癌原位樣本的腫瘤微環(huán)境
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