10X genomics 提供了全面的單細(xì)胞免疫分析方案，可以在單細(xì)胞細(xì)胞基礎(chǔ)上同時(shí)檢測(cè)人類或小鼠的適應(yīng)性免疫反應(yīng)和數(shù)以萬計(jì)的 T 細(xì)胞和 B 細(xì)胞的免疫系統(tǒng)。通過精簡(jiǎn)的工作流程，可以實(shí)現(xiàn)從樣品到文庫準(zhǔn)備、免疫測(cè)序和軟件分析全套解決方案，揭示 T 和 B 細(xì)胞多樣性、V(D)J 重組和免疫細(xì)胞分析。

單細(xì)胞免疫組庫檢測(cè)平臺(tái)

單細(xì)胞免疫組庫測(cè)序流程

應(yīng)用領(lǐng)域

基礎(chǔ)免疫學(xué)

腫瘤免疫和免疫治療

自身免疫性疾病和炎癥性疾病

傳染病和疫苗研究

移植和免疫重建

樣本要求

類型：細(xì)胞系，原代細(xì)胞，新鮮組織等

來源：血液提取、磁珠富集、流式富集、組織解離等

樣本量：細(xì)胞 >1x105  細(xì)胞 / 樣本

細(xì)胞活率：大于 80%，越高越好

數(shù)據(jù)量：5K read pairs/cell

數(shù)據(jù)分析

數(shù)據(jù)過濾及統(tǒng)計(jì)：

保留只含有一對(duì) TRA 和 TRB 且測(cè)到 RNA 表達(dá)的細(xì)胞進(jìn)行后續(xù)分析。

樣本間 VJ 使用情況比較：

每個(gè)樣本分別取 α 和 β 排名前十的 VJ 組合，所有樣本取并集畫 VJ 使用率熱圖。

對(duì)比不同樣本的 VJ 使用情況可以看到 VJ 使用的特異性。

多樣性指數(shù)等統(tǒng)計(jì)

對(duì)樣本進(jìn)行多樣性分析，多樣性指數(shù)和均一度如下表所示：

不同細(xì)胞類型的克隆擴(kuò)增分析  

結(jié)合單細(xì)胞 RNA 測(cè)序的注釋結(jié)果，對(duì)每個(gè)樣本針對(duì)不同類型的細(xì)胞群進(jìn)行克隆擴(kuò)增分析。如下餅圖，針對(duì)不同的克隆擴(kuò)增（n=1,n=2,n>=3）情況分別統(tǒng)計(jì)，不同顏色表示不同類型的細(xì)胞類型所占比例。

案例解析

題目：人類免疫細(xì)胞發(fā)展以及瘤內(nèi) T 細(xì)胞衰竭大規(guī)模平行單細(xì)胞染色質(zhì)景觀分析

原發(fā)腫瘤上皮細(xì)胞與內(nèi)源性同系腫瘤浸潤(rùn)淋巴細(xì)胞（TILs) 作為內(nèi)聚單位的共培養(yǎng)尤其難以實(shí)現(xiàn)。研究人員運(yùn)用空氣 - 液體界面（ALI) 方法從 >100 個(gè)人活組織切片或小鼠腫瘤中培養(yǎng)出患者來源的器官樣體（PDOs)，在具有同基因免疫能力的宿主中作為腫瘤上皮細(xì)胞，并嵌入天然免疫細(xì)胞。10X Genomics Chromium 平臺(tái)通過同時(shí)檢測(cè)基因表達(dá)及免疫組庫圖譜發(fā)現(xiàn)，PDOs 腫瘤浸潤(rùn)淋巴細(xì)胞準(zhǔn)確地保留了原發(fā)腫瘤 T 細(xì)胞受體（TCR) 的圖譜。至關(guān)重要的是，人類和小鼠的 PDOs 成功地通過 anti-PD1 和 / 或 anti-PDL1 擴(kuò)展和激活腫瘤抗原特異性腫瘤浸潤(rùn)淋巴細(xì)胞并誘導(dǎo)腫瘤細(xì)胞毒性來模擬免疫檢查點(diǎn)阻斷（ICB)。內(nèi)源性免疫基質(zhì)與原發(fā)腫瘤上皮細(xì)胞的有機(jī)融合促進(jìn) TME 內(nèi)的免疫腫瘤學(xué)研究，并促進(jìn)個(gè)性化免疫治療檢測(cè)。

免疫細(xì)胞的 5'V(D)J 和 5'RNA-seq 檢測(cè)

原文出處：Neal J T, Li X, Zhu J, et al. Organoid modeling of the tumor immune microenvironment[J]. Cell, 2018, 175(7): 1972-1988. e16.

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