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伯豪生物
21 天拿單細胞 RNA 測序原始數(shù)據(jù)!
發(fā)布時間:2020-04-17 瀏覽次數(shù):9853
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為什么要選擇伯豪生物?

1、伯豪生物豐富的懸液制備經(jīng)驗

伯豪生物單細胞團隊 2019 年自主消化了包括人、鼠、豬、雞、魚、羊、牛、水稻、楊樹、番茄(植物樣品抽提細胞核)等在內(nèi)的近千例樣品,平均上機率超過 60%(業(yè)內(nèi)平均上機率為 35%-50%)。并在 2020 年 1 月制備懸液 100 余例,上機率達到 90%。消化過程均全部人工操作,積累了非常的單細胞懸液制備經(jīng)驗。

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2、較高的數(shù)據(jù)可重現(xiàn)性

單細胞團隊在自主消化并獲得原始數(shù)據(jù)后的分析結(jié)果顯示:肝臟、胃、皮膚、肺、視網(wǎng)膜、脂肪、腦、息肉、肌腱、血管、胚胎、心臟瓣膜、耳蝸、膽管、睪丸、子宮內(nèi)膜等的分群數(shù)據(jù)和測得的基因數(shù)目可以比較好的重現(xiàn)組織內(nèi)部的細胞亞群特征,數(shù)據(jù)的可重復性比較高。成功協(xié)助部分實驗室避免了研究人員由于學業(yè)的更替導致前后數(shù)據(jù)產(chǎn)出的不穩(wěn)定。


視網(wǎng)膜分群數(shù)據(jù)(C0 亞群仍可繼續(xù)細分亞群)


注: 從細胞注釋的結(jié)果里可以看出,這批數(shù)據(jù)主要的細胞類型包括 9 大類,其中 T 細胞、NK 細胞和巨噬細胞占大部分。同時巨噬細分還分成了單核來源的巨噬細胞(MDSC-like cells)和肝臟固有的巨噬細胞(TAM-like cells)。


3、定制化的分析策略

單細胞團隊在后期數(shù)據(jù)分析方面,整理了多套個性化分析思路(腫瘤類的單細胞分析已經(jīng)聯(lián)合 TCGA 數(shù)據(jù)庫做更多高級個性化分析),目前正在為幾十個科研團隊提供定制化的單細胞數(shù)據(jù)分析服務。


整體亞群 GSEA 功能分析



細胞間通訊分析



腫瘤細胞的良性惡性區(qū)分:Case 組(癌)包含較多腫瘤細胞,Control(癌旁)沒有檢測到腫瘤細胞



Marker 基因的上游轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子分析:

轉(zhuǎn)錄因子 SPI1(PU.1)激活了該亞群 marker 基因的表達,并且 SPI1 本身也是這個亞群的 marker 基因

活動解釋權(quán):

本活動的解釋權(quán)歸屬于   上海伯豪生物技術(shù)有限公司。


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