首講：?jiǎn)渭?xì)胞測(cè)序懸液制備實(shí)驗(yàn)的介紹

1. 解析 10x、BD 原理、單細(xì)胞測(cè)序流程、懸液制備流程以及上機(jī)前的質(zhì)控標(biāo)準(zhǔn)；

2. 實(shí)驗(yàn)技術(shù)專家親授制備各種單細(xì)胞懸液經(jīng)常遇到的問題以及解決辦法；

3. 練習(xí)：通過懸液圖片來(lái)分辨可以上機(jī)的樣品與不符合上機(jī)條件的樣品；

4. 單細(xì)胞測(cè)序與 Bulk-seq 的區(qū)別，突出單細(xì)胞測(cè)序特點(diǎn)。

第二講：Seurat 代碼分享與基礎(chǔ)實(shí)操

1. 首期內(nèi)容回顧并以肺組織為例分享單細(xì)胞懸液制備流程；

2. Seurat 代碼實(shí)操，以胰腺癌的 Cell Research 文章的兩個(gè)樣品為例，介紹基礎(chǔ)數(shù)據(jù)挖掘的流程，包括基礎(chǔ)質(zhì)控、紅細(xì)胞、線粒體的過濾參數(shù)；

3. 從實(shí)操代碼中獲得表達(dá)矩陣，用 Excel 來(lái)深入探究單細(xì)胞測(cè)序的原始矩陣特點(diǎn)及數(shù)據(jù)歸一化的過程；

4. 高變基因的計(jì)算原理介紹以及 Umap、Tsne 聚類圖展示；

5. Marker 基因計(jì)算過程介紹以及結(jié)果說(shuō)明（數(shù)據(jù)分析的重點(diǎn)）。

第三講：?jiǎn)渭?xì)胞基礎(chǔ)數(shù)據(jù)分析及 Loupe 基礎(chǔ)實(shí)操

1. 從 Cell Research 文章中下載 6 個(gè)樣品進(jìn)行歸一化分析后的完整單細(xì)胞基礎(chǔ)數(shù)據(jù)報(bào)告解讀；

2. 結(jié)合第二講的內(nèi)容，再次回顧 Tsne、Umap 的聚類過程以及亞群聚類后，在樣品中重新進(jìn)行組間差異的比例計(jì)算（數(shù)據(jù)分析的第二個(gè)重點(diǎn)）；

3. 亞群注釋的原理簡(jiǎn)介，以 SingleR 的某個(gè)中間分析文件為例，介紹亞群注釋的細(xì)節(jié)；

4. Marker 基因用 String 做網(wǎng)絡(luò)互作圖，以及 String 的富集分析實(shí)操和數(shù)據(jù)解讀（第三個(gè)重點(diǎn)）；

5. Loupe 基礎(chǔ)實(shí)操。

第四講：Loupe 詳細(xì)實(shí)操（第四個(gè)重點(diǎn)）

1. 胰腺癌的 Cell Research 文章解讀以及下載文章附件，并整理附件中的亞群聚類、Marker 信息，方便以后更深入的數(shù)據(jù)挖掘；

2. Loupe 軟件的安裝以及基礎(chǔ)界面介紹；

3. 結(jié)合文章附件中的 Marker 基因信息，再次用 Loupe 對(duì)細(xì)胞亞群的注釋結(jié)果進(jìn)行驗(yàn)證；

4. Loupe 實(shí)現(xiàn)自定義的亞群間差異計(jì)算，以及某個(gè)亞群在組間的差異計(jì)算實(shí)操；

5. 差異基因再次做 David、Kobas、SHBIO 富集分析實(shí)操；

第五講：?jiǎn)渭?xì)胞做 lncRNA 的共表達(dá)分析以及 WGCNA 的分享

1. 伯豪首創(chuàng)的簡(jiǎn)化矩陣分析單細(xì)胞數(shù)據(jù)原理；

2. 演示如何從 Ensemble 中下載新基因注釋文件，并關(guān)聯(lián)單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)中的 lncRNA 注釋信息；

3. 單細(xì)胞亞群做 lncRNA 共表達(dá)分析；

4. WGCNA 代碼分享。

第六講：WGCNA 數(shù)據(jù)做圖以及亞群功能分析解讀

1. WGCNA 代碼介紹；

2. WGCNA 的分析結(jié)果用 Cytoscape 畫網(wǎng)絡(luò)圖；

3. 伯豪生物高級(jí)分析之 Hallmarker analysis 解讀；

4. GSEA 的算法原理介紹以及用 GSEA 分析亞群整體功能的結(jié)果解讀（第五個(gè)重點(diǎn)）；

5. 從 GSEA 結(jié)果中挖掘到的差異基因，再次用 Loupe 驗(yàn)證。

第七講：腫瘤類的單細(xì)胞測(cè)序分析以及 TCGA 數(shù)據(jù)分析實(shí)操（第六個(gè)重點(diǎn)）

1. 單細(xì)胞測(cè)序的 inferCNV 分析原理詳解；

2. 從 TCGA 中下載胰腺癌的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)演示；

3. TCGA 的基礎(chǔ)差異分析并關(guān)聯(lián)單細(xì)胞測(cè)序的 Marker 基因、亞群間的差異基因。

第八講：?jiǎn)渭?xì)胞測(cè)序案例解讀（第七個(gè)重點(diǎn)）

1. Cell Stem Cell 單細(xì)胞測(cè)序發(fā)現(xiàn)帕金森病的關(guān)鍵調(diào)節(jié)因子；

2. Nature 健康與炎癥性腸病中的結(jié)腸上皮細(xì)胞；

3. Cell 單細(xì)胞測(cè)序在內(nèi)耳感覺神經(jīng)元的多樣性研究中的應(yīng)用；

4. Cell 克羅恩病病變的單細(xì)胞測(cè)序確定與抗腫瘤壞死因子治療抵抗相關(guān)的致病細(xì)胞模塊；

5. Nature Genetic 11 個(gè) CRC 病人的癌組織和相應(yīng)的正常粘膜組織。

第九講：探究高分文章中的單細(xì)胞分析思路和圖片

1. Cancer Cell 解析神經(jīng)母細(xì)胞瘤，介紹單細(xì)胞測(cè)序的圖片示例；

2. 2 篇鼻咽癌相關(guān)的文章，再次介紹了 InferCNV 和全外測(cè)序、全基因組重測(cè)序聯(lián)合驗(yàn)證腫瘤亞群；

3. Nature 肝硬化文章，匯總分析思路。

第十講：擬時(shí)序以及 Scenic 結(jié)果解讀（第八個(gè)重點(diǎn)）

1. 擬時(shí)序的分析原理介紹；

2. 擬時(shí)序的完整數(shù)據(jù)結(jié)果解讀，以及個(gè)性化的關(guān)聯(lián) GSEA、差異基因等其他數(shù)據(jù)結(jié)果；

3. 單細(xì)胞上游轉(zhuǎn)錄因子分析，Scenic 結(jié)果解讀；

4. Scenic 的分析結(jié)果在某個(gè)亞群中，做組間差異分析，并再次關(guān)聯(lián)之前分析的多項(xiàng)單細(xì)胞數(shù)據(jù)。

第十一講：轉(zhuǎn)錄因子做熱圖以及細(xì)胞間通訊分析結(jié)果解讀（第九個(gè)重點(diǎn)）

1. 代碼實(shí)操，Scenic 數(shù)據(jù)做組間的差異熱圖；

2. 細(xì)胞通訊分析的結(jié)果解讀和應(yīng)用。

第十二講：腫瘤免疫浸潤(rùn)分析實(shí)操（第十個(gè)重點(diǎn)）

1. 代碼實(shí)操，用 GSVA 做腫瘤免疫浸潤(rùn)，并關(guān)聯(lián)單細(xì)胞測(cè)序的亞群數(shù)據(jù)；

2. 對(duì) 12 期的數(shù)據(jù)分析思路和邏輯再次梳理。

另外，伯豪生物單細(xì)胞團(tuán)隊(duì)會(huì)持續(xù)更新分析內(nèi)容，更新的內(nèi)容會(huì)免費(fèi)分享給已付費(fèi)購(gòu)買的科研團(tuán)隊(duì)，讓伯豪生物陪您一起進(jìn)階單細(xì)胞研究大神！