伯豪生物單細(xì)胞團(tuán)隊(duì)于 9 月、10 月開展了總計(jì) 12 期的單細(xì)胞線上培訓(xùn)課程 ,與全國(guó) 近 50 家 科研單位一起充分交流了單細(xì)胞測(cè)序后的系統(tǒng)性數(shù)據(jù)挖掘流程,并錄制成視頻。
視頻經(jīng)過后期剪輯處理,并在內(nèi)容豐富度和數(shù)據(jù)挖掘深度上進(jìn)行了優(yōu)化。優(yōu)化后的單細(xì)胞培訓(xùn)視頻合集共計(jì)近 10G,內(nèi)容涵蓋懸液制備 / 案例解析 / 數(shù)據(jù)分析 / 軟件操作等詳細(xì)內(nèi)容,限時(shí)特惠發(fā)售!
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單細(xì)胞培訓(xùn)視頻內(nèi)容:
首講:?jiǎn)渭?xì)胞測(cè)序懸液制備實(shí)驗(yàn)的介紹
1. 解析 10x、BD 原理、單細(xì)胞測(cè)序流程、懸液制備流程以及上機(jī)前的質(zhì)控標(biāo)準(zhǔn);
2. 實(shí)驗(yàn)技術(shù)專家親授制備各種單細(xì)胞懸液經(jīng)常遇到的問題以及解決辦法;
3. 練習(xí):通過懸液圖片來(lái)分辨可以上機(jī)的樣品與不符合上機(jī)條件的樣品;
4. 單細(xì)胞測(cè)序與 Bulk-seq 的區(qū)別,突出單細(xì)胞測(cè)序特點(diǎn)。
第二講:Seurat 代碼分享與基礎(chǔ)實(shí)操
1. 首期內(nèi)容回顧并以肺組織為例分享單細(xì)胞懸液制備流程;
2. Seurat 代碼實(shí)操,以胰腺癌的 Cell Research 文章的兩個(gè)樣品為例,介紹基礎(chǔ)數(shù)據(jù)挖掘的流程,包括基礎(chǔ)質(zhì)控、紅細(xì)胞、線粒體的過濾參數(shù);
3. 從實(shí)操代碼中獲得表達(dá)矩陣,用 Excel 來(lái)深入探究單細(xì)胞測(cè)序的原始矩陣特點(diǎn)及數(shù)據(jù)歸一化的過程;
4. 高變基因的計(jì)算原理介紹以及 Umap、Tsne 聚類圖展示;
5. Marker 基因計(jì)算過程介紹以及結(jié)果說(shuō)明(數(shù)據(jù)分析的重點(diǎn))。
第三講:?jiǎn)渭?xì)胞基礎(chǔ)數(shù)據(jù)分析及 Loupe 基礎(chǔ)實(shí)操
1. 從 Cell Research 文章中下載 6 個(gè)樣品進(jìn)行歸一化分析后的完整單細(xì)胞基礎(chǔ)數(shù)據(jù)報(bào)告解讀;
2. 結(jié)合第二講的內(nèi)容,再次回顧 Tsne、Umap 的聚類過程以及亞群聚類后,在樣品中重新進(jìn)行組間差異的比例計(jì)算(數(shù)據(jù)分析的第二個(gè)重點(diǎn));
3. 亞群注釋的原理簡(jiǎn)介,以 SingleR 的某個(gè)中間分析文件為例,介紹亞群注釋的細(xì)節(jié);
4. Marker 基因用 String 做網(wǎng)絡(luò)互作圖,以及 String 的富集分析實(shí)操和數(shù)據(jù)解讀(第三個(gè)重點(diǎn));
5. Loupe 基礎(chǔ)實(shí)操。
第四講:Loupe 詳細(xì)實(shí)操(第四個(gè)重點(diǎn))
1. 胰腺癌的 Cell Research 文章解讀以及下載文章附件,并整理附件中的亞群聚類、Marker 信息,方便以后更深入的數(shù)據(jù)挖掘;
2. Loupe 軟件的安裝以及基礎(chǔ)界面介紹;
3. 結(jié)合文章附件中的 Marker 基因信息,再次用 Loupe 對(duì)細(xì)胞亞群的注釋結(jié)果進(jìn)行驗(yàn)證;
4. Loupe 實(shí)現(xiàn)自定義的亞群間差異計(jì)算,以及某個(gè)亞群在組間的差異計(jì)算實(shí)操;
5. 差異基因再次做 David、Kobas、SHBIO 富集分析實(shí)操;
第五講:?jiǎn)渭?xì)胞做 lncRNA 的共表達(dá)分析以及 WGCNA 的分享
1. 伯豪首創(chuàng)的簡(jiǎn)化矩陣分析單細(xì)胞數(shù)據(jù)原理;
2. 演示如何從 Ensemble 中下載新基因注釋文件,并關(guān)聯(lián)單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)中的 lncRNA 注釋信息;
3. 單細(xì)胞亞群做 lncRNA 共表達(dá)分析;
4. WGCNA 代碼分享。
第六講:WGCNA 數(shù)據(jù)做圖以及亞群功能分析解讀
1. WGCNA 代碼介紹;
2. WGCNA 的分析結(jié)果用 Cytoscape 畫網(wǎng)絡(luò)圖;
3. 伯豪生物高級(jí)分析之 Hallmarker analysis 解讀;
4. GSEA 的算法原理介紹以及用 GSEA 分析亞群整體功能的結(jié)果解讀(第五個(gè)重點(diǎn));
5. 從 GSEA 結(jié)果中挖掘到的差異基因,再次用 Loupe 驗(yàn)證。
第七講:腫瘤類的單細(xì)胞測(cè)序分析以及 TCGA 數(shù)據(jù)分析實(shí)操(第六個(gè)重點(diǎn))
1. 單細(xì)胞測(cè)序的 inferCNV 分析原理詳解;
2. 從 TCGA 中下載胰腺癌的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)演示;
3. TCGA 的基礎(chǔ)差異分析并關(guān)聯(lián)單細(xì)胞測(cè)序的 Marker 基因、亞群間的差異基因。
第八講:?jiǎn)渭?xì)胞測(cè)序案例解讀(第七個(gè)重點(diǎn))
1. Cell Stem Cell 單細(xì)胞測(cè)序發(fā)現(xiàn)帕金森病的關(guān)鍵調(diào)節(jié)因子;
2. Nature 健康與炎癥性腸病中的結(jié)腸上皮細(xì)胞;
3. Cell 單細(xì)胞測(cè)序在內(nèi)耳感覺神經(jīng)元的多樣性研究中的應(yīng)用;
4. Cell 克羅恩病病變的單細(xì)胞測(cè)序確定與抗腫瘤壞死因子治療抵抗相關(guān)的致病細(xì)胞模塊;
5. Nature Genetic 11 個(gè) CRC 病人的癌組織和相應(yīng)的正常粘膜組織。
第九講:探究高分文章中的單細(xì)胞分析思路和圖片
1. Cancer Cell 解析神經(jīng)母細(xì)胞瘤,介紹單細(xì)胞測(cè)序的圖片示例;
2. 2 篇鼻咽癌相關(guān)的文章,再次介紹了 InferCNV 和全外測(cè)序、全基因組重測(cè)序聯(lián)合驗(yàn)證腫瘤亞群;
3. Nature 肝硬化文章,匯總分析思路。
第十講:擬時(shí)序以及 Scenic 結(jié)果解讀(第八個(gè)重點(diǎn))
1. 擬時(shí)序的分析原理介紹;
2. 擬時(shí)序的完整數(shù)據(jù)結(jié)果解讀,以及個(gè)性化的關(guān)聯(lián) GSEA、差異基因等其他數(shù)據(jù)結(jié)果;
3. 單細(xì)胞上游轉(zhuǎn)錄因子分析,Scenic 結(jié)果解讀;
4. Scenic 的分析結(jié)果在某個(gè)亞群中,做組間差異分析,并再次關(guān)聯(lián)之前分析的多項(xiàng)單細(xì)胞數(shù)據(jù)。
第十一講:轉(zhuǎn)錄因子做熱圖以及細(xì)胞間通訊分析結(jié)果解讀(第九個(gè)重點(diǎn))
1. 代碼實(shí)操,Scenic 數(shù)據(jù)做組間的差異熱圖;
2. 細(xì)胞通訊分析的結(jié)果解讀和應(yīng)用。
第十二講:腫瘤免疫浸潤(rùn)分析實(shí)操(第十個(gè)重點(diǎn))
1. 代碼實(shí)操,用 GSVA 做腫瘤免疫浸潤(rùn),并關(guān)聯(lián)單細(xì)胞測(cè)序的亞群數(shù)據(jù);
2. 對(duì) 12 期的數(shù)據(jù)分析思路和邏輯再次梳理。
另外,伯豪生物單細(xì)胞團(tuán)隊(duì)會(huì)持續(xù)更新分析內(nèi)容,更新的內(nèi)容會(huì)免費(fèi)分享給已付費(fèi)購(gòu)買的科研團(tuán)隊(duì),讓伯豪生物陪您一起進(jìn)階單細(xì)胞研究大神!
1. Loupe5.0 實(shí)操,新升級(jí)的 Loupe5.0 可以實(shí)現(xiàn)對(duì)一些自定義亞群的個(gè)性化二次聚類,并獲得二次聚類的分群數(shù)據(jù)、Marker 基因信息,這些信息再次關(guān)聯(lián)以上的分析,可以非常豐富的挖掘更多信息;
2. GSEA 的分析實(shí)操;
3. 空間轉(zhuǎn)錄組的數(shù)據(jù)分析實(shí)操,以某個(gè)已發(fā)表數(shù)據(jù)為例,重現(xiàn)空間轉(zhuǎn)錄組的數(shù)據(jù)分析流程;
4. 單個(gè)核做單細(xì)胞測(cè)序的數(shù)據(jù)分析實(shí)操,目前單細(xì)胞測(cè)序可以實(shí)現(xiàn)對(duì)單個(gè)細(xì)胞核進(jìn)行單細(xì)胞測(cè)序,單個(gè)核的測(cè)序與常規(guī)制備懸液的單細(xì)胞測(cè)序數(shù)據(jù)有比較大的不同,因此,需要深入解析下單個(gè)核的測(cè)序與單細(xì)胞測(cè)序的區(qū)別和聯(lián)系。
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