轉(zhuǎn)眼 5 月就要過去啦，小編在這里為大家精心上收集了以 DNA 甲基化研究為主題的研究成果，截止現(xiàn)在，5 月 以 DNA methylation 為關(guān)鍵詞檢索到的文獻(xiàn)一共有 353 篇 ，小編在這里為大家精心挑選一下 7 篇 作為重點(diǎn)分享，包括 EWAS、腫瘤標(biāo)志物研究、環(huán)境污染對(duì) DNA 甲基化的影響 以及一些容易模仿的純分析文章等。在 文末附表中列出更多 DNA 甲基化研究的文獻(xiàn)和高分綜述的研究方向、登刊時(shí)間、技術(shù)平臺(tái)和摘要 等信息，讓您不用再費(fèi)時(shí)費(fèi)力搜索，就能輕松獲取 5 月新的 DNA 甲基化研究成果和動(dòng)態(tài)，平均 IF>8。

酒精使用障礙疾病的 EWAS 研究發(fā)現(xiàn)與糖皮質(zhì)激素信號(hào)通路相關(guān)

摘要：酒精使用障礙（AUD) 是一種慢性衰弱性疾病，治療方法有限，病理生理學(xué)定義不清。目前造成 AUD 背后的機(jī)制仍不清楚。作者基于 850K 芯片對(duì)全血樣本進(jìn)行了目前規(guī)模大的 EWAS 研究（發(fā)現(xiàn)集 625，驗(yàn)證集 4798），目的是識(shí)別與 AUD 相關(guān)的新表觀基因組靶點(diǎn)。結(jié)果顯示糖皮質(zhì)激素信號(hào)和炎癥相關(guān)基因中差異甲基化區(qū)域的網(wǎng)絡(luò)與飲酒行為有關(guān)。一個(gè)在所有隊(duì)列中結(jié)果都一致的探針位于 GAS5（lncRNA）。GAS5 參與調(diào)節(jié)糖皮質(zhì)激素受體的轉(zhuǎn)錄活性，并具有多種與細(xì)胞凋亡、免疫功能和各種癌癥相關(guān)的功能。利用外周皮質(zhì)醇水平和神經(jīng)成像范式進(jìn)行的內(nèi)表型分析表明，GAS5 網(wǎng)絡(luò)相關(guān)探針的甲基化變異與應(yīng)激表型有關(guān)。死后的大腦分析記錄了 AUD 患者扁桃體中 GAS5 表達(dá)的增加。研究數(shù)據(jù)表明，酒精的使用與糖皮質(zhì)激素系統(tǒng)中不同基因的甲基化有關(guān)，這可能會(huì)影響應(yīng)激和炎癥反應(yīng)，進(jìn)而增加 AUD 的風(fēng)險(xiǎn)。

標(biāo)題：Epigenome-Wide Association Study of DNA Methylation and  Adult Asthma in the Agricultural Lung Health Study

成人哮喘的 EWAS 研究

摘要：目前對(duì)成年人哮喘的研究很少。作者對(duì)成人全血中的 DNA 甲基化與非特應(yīng)性和特應(yīng)性哮喘的關(guān)系進(jìn)行了大的 EWAS 研究。作者使用 850K 芯片對(duì) 2286 名參與者的全血樣本進(jìn)行 DNA 甲基化檢測(cè)。以血清特異性免疫球蛋白 e 作為特異反應(yīng)性的標(biāo)準(zhǔn)，將受試者分為無哮喘（n=185)、非特異反應(yīng)性哮喘（n=673)、特異反應(yīng)性哮喘（n=271) 或既無特異反應(yīng)性又無哮喘（n=1157) 的參照組。結(jié)果顯示沒有與無哮喘的特異反應(yīng)相關(guān)的甲基化位點(diǎn)。許多差異甲基化位點(diǎn)與非特應(yīng)性哮喘相關(guān)、特應(yīng)性哮喘相關(guān)，涉及很多新基因。也有部分 CpG 位點(diǎn)在全血、嗜酸性粒細(xì)胞、氣道上皮或鼻腔上皮的研究中出現(xiàn)過。涉及到的基因在與神經(jīng)系統(tǒng)或炎癥相關(guān)的通路中富集。作者在非特應(yīng)性哮喘和特應(yīng)性哮喘中鑒定出大量不同的甲基化 CpG 位點(diǎn)。

標(biāo)題：Genome-wide DNA Methylation Analysis Reveals Significant Impact of Long-Term Ambient Air Pollution Exposure on Biological Functions Related to Mitochondria and Immune Response

通過全基因組 DNA 甲基化分析顯示長期暴露于環(huán)境空氣污染對(duì)線粒體和免疫反應(yīng)相關(guān)的生物功能有顯著影響

標(biāo)題：Evaluating the Impact of Trauma and PTSD on Epigenetic Prediction  of Lifespan and Neural Integrity

評(píng)估創(chuàng)傷和創(chuàng)傷后應(yīng)激障礙對(duì)表觀遺傳壽命和神經(jīng)完整性預(yù)測(cè)的影響

摘要：創(chuàng)傷后應(yīng)激障礙（PTSD) 是一種使人衰弱的疾病，在一些人遭受創(chuàng)傷后出現(xiàn)。創(chuàng)傷和 PTSD 與細(xì)胞老化加速有關(guān)。這項(xiàng)研究評(píng)估了創(chuàng)傷和 PTSD 對(duì)遭受過創(chuàng)傷人的 GrimAge 的影響，GrimAge 是一種預(yù)測(cè)壽命表觀遺傳因子。這項(xiàng)研究包括 218 名目前患有創(chuàng)傷后精神緊張性精神障礙的患者，427 名沒有任何創(chuàng)傷后精神障礙病史的創(chuàng)傷暴露對(duì)照者，以及 209 名有終生創(chuàng)傷后精神障礙病史但未被歸類為目前的創(chuàng)傷后精神障礙病例的受試者。使用 450K 芯片對(duì)全血樣本進(jìn)行 DNA 甲基化檢測(cè)。對(duì) 69 例女性受試者的皮質(zhì)厚度進(jìn)行評(píng)估。用多元回歸模型測(cè)試創(chuàng)傷暴露、創(chuàng)傷后應(yīng)激障礙、皮質(zhì)厚度和 GrimAge 加速之間的關(guān)系。研究結(jié)果表明，終生創(chuàng)傷負(fù)荷、當(dāng)前創(chuàng)傷后應(yīng)激障礙和終生創(chuàng)傷后應(yīng)激障礙與 GrimAge 加速度相關(guān)，提示預(yù)測(cè)壽命較短。終生創(chuàng)傷和創(chuàng)傷后應(yīng)激障礙可能導(dǎo)致表觀遺傳學(xué)基礎(chǔ)上更高的死亡風(fēng)險(xiǎn)，也證實(shí)了 PTSD 相關(guān)腦區(qū)的皮質(zhì)萎縮與預(yù)期壽命縮短之間的關(guān)系。

標(biāo)題：Structural Basis for Impairment of DNA Methylation by the DNMT3A R882H Mutation

DNMT3A R882H 突變損害 DNA 甲基化的結(jié)構(gòu)基礎(chǔ)

時(shí)間：2020/5/8

期刊：Nat Commun 11.878

摘要：DNA 甲基轉(zhuǎn)移酶 DNMT3A 在哺乳動(dòng)物 DNA 甲基化過程中起關(guān)鍵作用。R882H DNMT3A 是急性髓系白血病（AML) 的一個(gè)熱點(diǎn)突變，引起異常的 DNA 甲基化。然而，這種突變?nèi)绾斡绊?DNMT3A 的結(jié)構(gòu)和功能仍不清楚。在這里，作者報(bào)告了野生型和 r882h 突變的 DNMT3A 在不同序列背景的 DNA 底物復(fù)合物中的結(jié)構(gòu)特征。來自目標(biāo)識(shí)別域的循環(huán)（TRD 循環(huán)）以 + 1 側(cè)翼位點(diǎn)依賴的方式識(shí)別 CpG 二核苷酸。R882H 突變減少了同二聚體界面的 DNA 結(jié)合，減少了同二聚體界面與 TRD 環(huán)之間的分子鏈，增強(qiáng)了 TRD 環(huán)的動(dòng)力學(xué)。體外甲基化分析一致表明，R882H 突變損害了 DNMT3A 的酶活性、CpG 特異性和側(cè)壁序列偏好。綜上所述，本研究揭示了 AML 中 R882H 突變引起的 DNMT3A 的多重缺陷。

標(biāo)題：A Novel CpG-methylation-based Nomogram Predicts Survival in  Colorectal Cancer

基于 CpG 位點(diǎn)甲基化的諾莫圖預(yù)測(cè)結(jié)腸直腸癌的存活率

摘要：異常的 DNA 甲基化與結(jié)直腸癌（CRC) 患者的預(yù)后顯著相關(guān)。本研究的目的是開發(fā)一個(gè)基于 CpG 位點(diǎn)甲基化的諾模圖用于 CRC 患者的生存時(shí)間預(yù)測(cè)。首先，將 TCGA 有甲基化數(shù)據(jù)的 378 例 CRC 患者隨機(jī)分為訓(xùn)練集（n = 249) 和測(cè)試集（n = 129)。采用多重篩選策略，確定 6 個(gè)候選 CpG 位點(diǎn)，這些位點(diǎn)與訓(xùn)練隊(duì)列的總生存率顯著相關(guān)。隨后，進(jìn)行 Cox 回歸建模，以構(gòu)建基于候選 CpG 位點(diǎn)的預(yù)后信號(hào)。6 個(gè) CpG 位點(diǎn)成功地將患者分為高危組和低危組。此外，將 TNM 階段和年齡納入諾莫圖。與訓(xùn)練集中的三個(gè)獨(dú)立預(yù)后因子相比，諾莫圖顯示出更好的總體生存率預(yù)測(cè)。在測(cè)試集中，諾莫圖的表現(xiàn)也優(yōu)于三個(gè)獨(dú)立預(yù)后因素。同時(shí)，在訓(xùn)練和測(cè)試隊(duì)列中，生存概率的校準(zhǔn)曲線顯示諾莫圖預(yù)測(cè)與實(shí)際觀測(cè)之間有很好的一致性。綜上所述，本研究提供了一種基于 CpG 位點(diǎn)甲基化值的諾模圖，有望預(yù)測(cè) CRC 患者的總體生存，這可能有助于改善 CRC 患者的個(gè)性化治療決策。

標(biāo)題：The DNA Methylation Landscape of Human Cancer Organoids Available at the American Type Culture Collection

人類癌癥類器官的甲基化圖譜

摘要：對(duì)于實(shí)體瘤的研究，用稱為類器官的 3D 培養(yǎng)細(xì)胞能夠更好的反映原始腫瘤特征，對(duì)于研究腫瘤細(xì)胞之間通訊、實(shí)體瘤結(jié)構(gòu)形成、腫瘤細(xì)胞表觀遺傳學(xué)變化以及細(xì)胞遷移侵襲等特征更具優(yōu)勢(shì)。但是每個(gè)實(shí)驗(yàn)室可能有不同的樣本來源、用自己的培養(yǎng)方法來建立這些 3D 腫瘤模型，這可能導(dǎo)致實(shí)驗(yàn)結(jié)果在不同實(shí)驗(yàn)室之間難以重復(fù)、妨礙了所獲得數(shù)據(jù)的進(jìn)一步驗(yàn)證和引用。為了解決這個(gè)問題，人類癌癥模型倡議組織（Human Cancer Models Initiative，HCMI，其中包括美國國家癌癥研究所（NCI），英國癌癥研究（CRUK），惠康桑格研究所（WSI）等）選擇了美國 ATCC 標(biāo)準(zhǔn)培養(yǎng)物資源庫為科學(xué)界提供類器官模型（https://www.lgcstandards-atcc.org/hcmi）。但是，目前還沒有這些樣品的表觀遺傳學(xué)信息，人類癌癥類器官的 DNA 甲基化譜圖在很大程度上是未知的。來自 Josep Carreras 白血病研究所（IJC）主任 Manel Esteller 博士領(lǐng)導(dǎo)的一個(gè)研究小組剛剛在《Epigenetics》期刊上發(fā)文介紹了對(duì) ATCC 提供的 25 種人類癌癥類器官 3D 模型的表觀遺傳分析。

研究人員 850K 芯片對(duì) ATCC 提供的 25 種人類癌癥類器官進(jìn)行 DNA 甲基化狀態(tài)做圖景分析。結(jié)果發(fā)現(xiàn)所研究的類器官能更好地保留原發(fā)組織的表觀遺傳背景，更接近相應(yīng)原發(fā)腫瘤的 DNA 甲基化分布。目前完整的 DNA 甲基化數(shù)據(jù)可在 GEO 儲(chǔ)存庫中可免費(fèi)獲得，登錄號(hào)為 GSE144213：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE144213。