轉(zhuǎn)眼 6 月已經(jīng)過去啦，小編在這里為大家精心收集了以 DNA 甲基化研究為主題的較新研究成果，截止現(xiàn)在，6 月以 DNA methylation 為關(guān)鍵詞檢索到的文獻(xiàn)一共有 451 篇，小編在這里為大家精心挑選一下 7 篇作為重點(diǎn)分享，包括 多組學(xué)研究、甲基化標(biāo)志物研究、HBV 感染對 DNA 甲基化影響以及一些容易模仿的純分析文章、還有較新發(fā)表的外泌體中 DNA 甲基化的檢測技術(shù) 等。在文末附表中列出更多 DNA 甲基化研究的文獻(xiàn)和高分綜述的研究方向、登刊時(shí)間、技術(shù)平臺和摘要等信息，讓您不用再費(fèi)時(shí)費(fèi)力搜索，就能輕松獲取 6 月較新的 DNA 甲基化研究成果和動態(tài)，平均 IF>8。
文章展示
01
標(biāo)題：Unraveling the Genomic-Epigenomic Interaction Landscape in Triple Negative and Non-Triple Negative Breast Cancer
三陰性乳腺癌和非三陰性乳腺癌的多組學(xué)研究
時(shí)間：2020/6/12
期刊：Cancers (Basel) 6.162
IF=6.162
平臺：TCGA
摘要：近年來，隨著下一代測序技術(shù)的迅猛發(fā)展，乳腺癌基于分子特征有了更多亞型。然而，體細(xì)胞突變和基因表達(dá)數(shù)據(jù)尚未與表觀基因組數(shù)據(jù)進(jìn)行合并整合分析。本文作者結(jié)合癌癥基因組圖譜（TCGA) 中的體細(xì)胞突變、表觀基因組和基因表達(dá)數(shù)據(jù)進(jìn)行整合數(shù)據(jù)分析，以闡明 TNBC 和非 TNBC 中基因組和表觀基因組變異之間可能的致癌相互作用。研究發(fā)現(xiàn)了特有的體細(xì)胞突變、表觀基因組和基因表達(dá)特征可以區(qū)分 TNBC 和非 TNBC。此外，研究還揭示了每一種乳腺癌特有的體細(xì)胞突變和表觀基因組變化的分子網(wǎng)絡(luò)和信號通路。TNBC 顯著的途徑有視網(wǎng)膜生物合成、BAG2 等信號通路。非 TNBC 重要的通路有 UVB 誘導(dǎo)的 MAPK、PCP、內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)激等通路。研究表明，基于多組學(xué)數(shù)據(jù)的整合分析是闡明 TNBC 和非 TNBC 基因組 - 表觀基因組相互作用的有效方法。
02
標(biāo)題：Inflammatory Macrophage Memory in NSAID-exacerbated Respiratory Disease
非甾體抗炎藥加重呼吸系統(tǒng)疾病中巨噬細(xì)胞的促炎代謝和表觀遺傳重編程
時(shí)間：2020/6/12
期刊：J Allergy Clin Immunol 14.11
IF=14.11
平臺：850K、RNA-seq、靶向 LC-MS/MS
摘要：非甾體抗炎藥加重呼吸系統(tǒng)疾病（N-ERD) 是一種慢性炎癥狀態(tài)，由花生四烯酸（AA) 代謝異常導(dǎo)致。巨噬細(xì)胞是 AA 代謝物的主要生產(chǎn)者并且受到代謝重編程的影響，但它們在 N -ERD 中經(jīng)常被忽視。作者試圖從代謝組學(xué)和表觀基因組學(xué)的角度闡明 N -ERD 中巨噬細(xì)胞重編程。對 N -ERD 患者組和健康對照組中巨噬細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組、代謝組和脂質(zhì)代謝產(chǎn)物譜進(jìn)行了評估。通過靶向代謝組學(xué)分析，對 N -ERD 患者（n=15) 和健康個(gè)體（n=10) 中對鼻粘膜液、痰和血漿中的代謝物進(jìn)行量化。全基因組甲基組學(xué)被用來探究 N -ERD 中巨噬細(xì)胞重編程的表觀遺傳機(jī)制。作者發(fā)現(xiàn)，N-ERD 單核細(xì)胞 / 巨噬細(xì)胞的 DNA 甲基化總體減少，代謝異常，趨化因子表達(dá)增加，表明持續(xù)的促炎激活。N-ERD 巨噬細(xì)胞中差異甲基化區(qū)域（DMRs) 包括參與趨化因子信號轉(zhuǎn)導(dǎo)和酰肉堿代謝的基因。N-ERD 患者巨噬細(xì)胞、痰液、鼻內(nèi)膜液和血漿中酰基肉堿升高。與健康巨噬細(xì)胞相比，在炎癥刺激下，N-ERD 巨噬細(xì)胞產(chǎn)生的酰基肉堿、促炎 AA 代謝物、細(xì)胞因子和趨化因子水平升高。總之，研究發(fā)現(xiàn)解釋了 N -ERD 中巨噬細(xì)胞的促炎代謝和表觀遺傳重編程。
03
標(biāo)題：Harnessing Peripheral DNA Methylation Differences in the Alzheimer's Disease Neuroimaging Initiative (ADNI) to Reveal Novel Biomarkers of Disease
阿爾茲海默癥在外周血中 DNA 甲基化標(biāo)志物研究
時(shí)間：2020/6/15
期刊：Clin Epigenetics 5.496
IF=5.496
平臺：850K
摘要：阿爾茨海默?。ˋD) 是一種慢性進(jìn)行性神經(jīng)退行性疾病，全球約有 4400 萬成年人受到影響。AD 的病因病理學(xué)（淀粉樣蛋白和 tau 蛋白的積累）比癡呆癥的標(biāo)志性癥狀早了十多年，這就提示非常需要開發(fā)疾病發(fā)病的早期診斷標(biāo)記物，特別是針對旨在改變疾病進(jìn)程的新藥。為了評估差異性甲基化位點(diǎn)（DMPs) 作為 AD 的新型血液生物標(biāo)志物，作者使用了阿茲海默病神經(jīng)成像協(xié)會（ADNI) 653 名患者的外周血樣本。所選的 AD 患者、輕度認(rèn)知障礙（MCI) 患者和年齡匹配的健康對照（CN) 隊(duì)列均有影像學(xué)、遺傳學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)、腦脊液蛋白標(biāo)記和全面的臨床記錄。作者通過縱向比較在 AD、MCI 和年齡匹配的 CN 個(gè)體隊(duì)列的 DNA 甲基化。EWAS 分析采用一種混合模型來檢測 AD 與 CN、AD 與 MCI、MCI 與 CN 中兩兩差異甲基化比較。顯著的差異甲基化位點(diǎn)也通過精神狀態(tài)檢查（MMSE) 得分進(jìn)行跟蹤。腦和神經(jīng)退行性相關(guān)基因（如 BDNF、BIN1、APOC1) 附近的差異甲基化位點(diǎn)富集，通過 GTex 驗(yàn)證基因表達(dá)。研究表明，年齡匹配的 AD 患者與健康對照組之間的外周差異甲基化將為進(jìn)一步研究和驗(yàn)證差異甲基化作為疾病的標(biāo)志物提供機(jī)會?？紤]到腦組織的不可獲取性，與外周血相關(guān)的甲基化標(biāo)記可能有助于識別疾病的階段和進(jìn)展表型，這些信息將是開發(fā)成功的 AD 藥物的核心。
04
標(biāo)題：Methylation Dependent Gold Adsorption Behaviour Identifies Cancer Derived Extracellular Vesicular DNA
外泌體 DNA 甲基化的檢測方法
時(shí)間：2020/6/7
期刊：Nanoscale Horiz 9.095
IF=9.095
摘要：創(chuàng)傷后應(yīng)激障礙（PTSD) 是一種使人衰弱的疾病，在一些人遭受創(chuàng)傷后出現(xiàn)。創(chuàng)傷和 PTSD 與細(xì)胞老化加速有關(guān)。這項(xiàng)研究評估了創(chuàng)傷和 PTSD 對遭受過創(chuàng)傷人的 GrimAge 的影響，GrimAge 是一種預(yù)測壽命表觀遺傳因子。這項(xiàng)研究包括 218 名目前患有創(chuàng)傷后精神緊張性精神障礙的患者，427 名沒有任何創(chuàng)傷后精神障礙病史的創(chuàng)傷暴露對照者，以及 209 名有終生創(chuàng)傷后精神障礙病史但未被歸類為目前的創(chuàng)傷后精神障礙病例的受試者。使用 450K 芯片對全血樣本進(jìn)行 DNA 甲基化檢測。對 69 例女性受試者的皮質(zhì)厚度進(jìn)行評估。用多元回歸模型測試創(chuàng)傷暴露、創(chuàng)傷后應(yīng)激障礙、皮質(zhì)厚度和 GrimAge 加速之間的關(guān)系。研究結(jié)果表明，終生創(chuàng)傷負(fù)荷、當(dāng)前創(chuàng)傷后應(yīng)激障礙和終生創(chuàng)傷后應(yīng)激障礙與 GrimAge 加速度相關(guān)，提示預(yù)測壽命較短。終生創(chuàng)傷和創(chuàng)傷后應(yīng)激障礙可能導(dǎo)致表觀遺傳學(xué)基礎(chǔ)上更高的死亡風(fēng)險(xiǎn)，也證實(shí)了 PTSD 相關(guān)腦區(qū)的皮質(zhì)萎縮與預(yù)期壽命縮短之間的關(guān)系。
05
標(biāo)題：Association Between Variation of Circulating 25-OH Vitamin D and Methylation of Secreted Frizzled-Related Protein 2 in Colorectal Cancer
結(jié)直腸癌中循環(huán) 25-OH 維生素 D 的變化與 SFRP2 甲基化相關(guān)
時(shí)間：2020/6/9
期刊：Acta Neuropathol Commun 5.883
IF=5.883
平臺：850K
摘要：結(jié)直腸癌（Colorectal cancer, CRC) 是由結(jié)腸細(xì)胞在腫瘤轉(zhuǎn)化過程中表觀遺傳和基因改變積累而成，其中 Wnt 信號通路的激活是 CRC 啟動的常見機(jī)制。Wnt 通路主要由 Wnt 拮抗劑調(diào)控，即分泌卷曲蛋白相關(guān)蛋白（SFRP) 家族。事實(shí)上，SFRP2 被提出作為 CRC 診斷的非侵入性生物標(biāo)志物。維生素 D 也拮抗結(jié)腸癌細(xì)胞中的 Wnt 信號。一些研究表明，維生素 D 能夠改變 DNA 甲基化，盡管這種機(jī)制尚不清楚。因此，本研究的目的是尋找循環(huán) 25-OH 維生素 D(維生素 D 的 30% 作為界限）與 SFRP2 甲基化之間的聯(lián)系。本研究共納入 67 例 CRC 患者。這些患者被分為兩組根據(jù)他們維生素 D 30% 的分位數(shù)（20 患者低于 30%,47 患者超過 30%)。作者調(diào)查了 SFRP2 甲基化在外周血單核細(xì)胞（PBMCs), 內(nèi)臟脂肪組織，CRC 腫瘤組織，和相鄰患腫瘤區(qū)域。同時(shí)還確定了 SFRP2 甲基化和致癌、致脂基因甲基化之間的關(guān)系。測試維生素 D 對人結(jié)直腸癌細(xì)胞系 116 (HCT116) 中 SFRP2 甲基化的影響，研究了當(dāng)維生素 D 低于 30% 時(shí)與 SFRP2 啟動子區(qū)甲基化的關(guān)系。維生素 D 對 HCT116 細(xì)胞系中 SFRP2 的甲基化沒有影響。結(jié)果表明，較高的循環(huán)維生素 D 與低的 SFRP2 啟動子甲基化有關(guān)。因此，研究結(jié)果表明，維生素 D 可能對 DNA 甲基化有表觀遺傳影響。較高的維生素 D 有助于改善新輔助治療的反應(yīng)。
06
標(biāo)題：DNA Methylation Profiling Demonstrates Superior Diagnostic Classification to RNA-sequencing in a Case of Metastatic Meningioma
在轉(zhuǎn)移性腦膜瘤的病例中，DNA 甲基化譜診斷分類優(yōu)于表達(dá)譜
時(shí)間：2020/6/9
期刊：Acta Neuropathol Commun 5.883
IF=5.883
平臺：850K
摘要：腦膜瘤是常見的原發(fā)性顱內(nèi)腫瘤，但腦膜瘤轉(zhuǎn)移是罕見的。因此，對轉(zhuǎn)移性腦膜瘤的臨床檢查、診斷檢測和分子分型尚不完全了解。作者報(bào)告了一例多發(fā)性復(fù)發(fā)腦膜瘤并發(fā)肝轉(zhuǎn)移。作者討論病人的表現(xiàn)，影像學(xué)表現(xiàn)，以及顱內(nèi)病變和轉(zhuǎn)移病灶的常規(guī)組織病理學(xué)特征。此外，對來自顱內(nèi)腦膜瘤的 6 個(gè)立體定位引導(dǎo)樣本和一次超聲引導(dǎo)下的肝轉(zhuǎn)移活檢進(jìn)行 850K 芯片和 RNA 測序。結(jié)果表明，基于 DNA 甲基化可區(qū)分肝轉(zhuǎn)移瘤和顱內(nèi)腦膜瘤樣本，并確定肝活檢肝細(xì)胞污染的小焦點(diǎn)。盡管如此，基于 DNA 甲基化的分類準(zhǔn)確地確定了肝轉(zhuǎn)移瘤為腦膜瘤。還發(fā)現(xiàn)，RNA 測序的聚類結(jié)果將肝轉(zhuǎn)移瘤與顱內(nèi)腦膜瘤樣本區(qū)分開來，但肝臟轉(zhuǎn)移中的肝細(xì)胞特異性基因表達(dá)程序混淆了差異基因表達(dá)分類。總之，這個(gè)病例報(bào)告闡明了顱內(nèi)和轉(zhuǎn)移性腦膜瘤的比較生物學(xué)。此外，結(jié)果支持基于甲基的分類是診斷轉(zhuǎn)移病灶的一種可靠方法，強(qiáng)調(diào)了 DNA 甲基化陣列圖譜在診斷病理學(xué)中的廣泛應(yīng)用，并對常規(guī)使用大量 RNA 測序來鑒別異質(zhì)性轉(zhuǎn)移病灶中的腫瘤特征提出警示。
07
標(biāo)題：The Signature of HBV-related Liver Disease in Peripheral Blood Mononuclear Cell DNA Methylation
與 HBV 相關(guān)肝病的外周血單核細(xì)胞中的 DNA 甲基化特征
時(shí)間：2020/6/8
期刊：Clin Epigenetics 5.496
IF=5.496
平臺：450K、pyrosequencing
摘要：乙型肝炎病毒（HBV) 相關(guān)肝病通過肝免疫和炎癥反應(yīng)引起肝損傷。外周血單核細(xì)胞（PBMC) DNA 甲基化與肝病和纖維化進(jìn)展之間的關(guān)系尚不清楚。在這里，作者應(yīng)用 450K 芯片對 48 例 HBV 相關(guān)肝病患者的 PBMC 樣本中進(jìn)行全基因組甲基化譜研究，其中包括 24 例慢性乙型肝炎（CHB)、14 例代償性肝硬化（LC) 和 10 例失代償性肝硬化（DLC)?？偟膩碚f，有 7888 個(gè)差異甲基化 CpG 位點(diǎn)與肝病進(jìn)展相關(guān)。LC 難以診斷，通常介于 CHB 和 DLC 之間。作者使用 LASSO 和 logistic 回歸方法來建立 LC 預(yù)測模型。在纖維化進(jìn)展方面，LC 與 CHB 相比有 1705 個(gè)位于啟動子區(qū)的差異甲基化 CpG 位點(diǎn)對應(yīng)的基因進(jìn)行 IPA 富集分析。富集結(jié)果顯示 HBV 相關(guān)的肝纖維化進(jìn)展導(dǎo)致免疫和炎癥反應(yīng)的表觀遺傳重編程。這些數(shù)據(jù)支持了 HBV 相關(guān)慢性肝病的發(fā)展與外周免疫系統(tǒng)中甲基化的廣泛改變有關(guān)的觀點(diǎn)。CpG 甲基化位點(diǎn)作為監(jiān)測和診斷 LC 的相關(guān)生物標(biāo)志物，為了解 HBV 相關(guān)肝纖維化和肝硬化的免疫機(jī)制提供了新的見解。
總結(jié)
上述分享的文獻(xiàn)中，頭兩篇都是涉及到甲基化的多組學(xué)研究，但是涉及到的組學(xué)、略有不同，這也證明多組學(xué)的研究是非常靈活的。同樣這次也分享了一篇有關(guān)阿爾茲海默癥的 EWAS 研究，一共涉及到 1720 例外周血的樣本，同樣是基于 850K 芯片做的研究。其中有一篇腦膜瘤肝轉(zhuǎn)移的研究，發(fā)現(xiàn)基于 DNA 甲基化數(shù)據(jù)的分型結(jié)果更加，對于腫瘤轉(zhuǎn)移樣本的甲基化研究有一定啟示。馬拉加大學(xué)發(fā)表的文章‘結(jié)直腸癌中循環(huán) 25-OH 維生素 D 的變化與 SFRP2 甲基化相關(guān)‘這是基于患者的 VD 水平進(jìn)行分組，展開甲基化的研究，也是不錯(cuò)的思路呢。
文章列表
文末列出了小編整理出的完整文獻(xiàn)列表，如果您對其中一些文獻(xiàn)更感興趣，就請聯(lián)系我們，獲得完整的文獻(xiàn)列表吧。
更多伯豪生物服務(wù)
